Novedad: PubMed Journals para mantenernos al día de las revistas de nuestro interés

La mayoría de los profesionales de ciencias de la salud encontrarán PubMed Journals de gran utilidad para mantenerse al día de lo que van publicando las revistas de su interés. En PubMed Journals podremos:

  • Encontrar y seguir las revistas de interés;
  • Explorar nuevos artículos de revistas favoritas como el New England Journal of Medicine;
  • Mantenenos al día con los RSS de los artículos que vayan publicándose de las revistas que seguimos.

Para ello debemos entrar en PubMed Journals donde veremos un listado de revistas populares, una ventana para buscar revistas, las revistas que previamente hemos seleccionado para seguir y, en la columna de la derecha, los RSS de esta lista de revistas por nosotros seleccionadas. De las revistas favoritas o de las localizadas por nosotros podemos hojear el contenido más reciente o ir a la página web de la revista.pubmed-journals2

Para poder seguir una revista debemos tener una cuenta en MyNCBI.

PubMed Journals es un experimento de PubMed labs , incubadora de productos de NCBI con nuevas características y capacidades a los usuarios finales NCBI.

Qué es MEDLINE

MEDLINEEn la entrada ¿Pero no es lo mismo PubMed que MEDLINE? explicaba las principales diferencias, con datos, de ambos.

Ahora, la NLM, ha publicado la actualización del MEDLINE Fact Sheet con la información básica y actualizada de esta base de datos.

En resumen nos encontramos que MEDLINE:

  • Es una base de datos bibliográfica que contiene más de 23 millones de referencias a artículos de revistas en ciencias de la vida con una concentración en la biomedicina. El resultado de una búsqueda en MEDLINE/PubMed es una lista de citas (incluyendo los autores, título, fuente, y, a menudo un resumen) a artículos de revistas y una indicación de la disponibilidad de texto completo electrónico gratuito. La búsqueda es gratis y no requiere registro.
  • Los registros se indexan con el tesauro Medical Subject Headings (MeSH ®).
  • MEDLINE es el componente principal de PubMed ®.
  • Cobertura temporal: desde 1946 (OLDMEDLINE) hasta la actualidad .
  • Fuentecitas de más de 5.600 revistas en todo el mundo en 40 idiomas. Aproximadamente el 93% está publicado en Inglés , y alrededor del 85% tienen inglés resúmenes escritos por autores de los artículos.
  • Actualizaciones: Desde junio de 2014 se añaden citas los 7 días a la semana. En 2015 se añadieron más de 806.000 referencias.
  • Cobertura temática: El ámbito objeto de MEDLINE es la biomedicina y la salud.

Mejoras en el formulario PICO de EMBASE.com

Desde el pasado 31 de enero de 2016 disponemos de una opción de búsqueda PICO en EMBASE.com que ya anunciamos en biblioGETAFE (Búsqueda PICO en EMBASE).

Recientemente, el 24 de junio de 2016, han mejorado el formulario de búsqueda PICO incluyendo el campo de diseño de estudio (o varios) de campo, lo que permite búsquedas de medicina basada en la evidencia más estructurados. Además, se han realizado mejoras adicionales a la búsqueda de PICO que harán que la búsqueda de información sobre los sinónimos sea más fácil y el uso de la página sea aún más sencillo.

EMBASE PICO Junio 2016

Para una descripción completa de todas las mejoras aquí.

¡Feliz 20 aniversario PubMed! Cambios durante dos décadas

Ya han pasado 20 años desde que en enero de 1996 comenzara PubMed como una base de datos experimental en el marco del sistema de recuperación Entrez del NCBI (National Center for Biotechnology Information) con pleno acceso a MEDLINE ®. El 26 de junio de 1997, en una conferencia de Capitol Hill Press, se anunció oficialmente el acceso libre de MEDLINE a través de PubMed.

NLM Technical Bulletin Free PubMed.png

Desde entonces PubMed ha ido cambiando y mejorando continuamente, cosa que sabemos bien aquellos que utilizamos este motor de búsqueda a diario y que nos dedicamos a enseñar su funcionamiento a los usuarios de nuestras bibliotecas. Paso a resumir las mejoras más relevantes de estos últimos 20 años.

El 26 de enero de 1998 PubMed fue rediseñado con muchas mejoras útiles, incluyendo el MeSH® Browser, el Single Citation Matcher, la búsqueda ampliada automática de términos MeSH (“exploding”), el mapeo de sinónimos de Name of Substances y el botón Detalles (“Details”). Al año siguiente se incorporó la posibilidad de combinación de búsqueda por término MeSH y subencabezamiento.

PubMed fue rediseñado significativamente en 2000 integrando nuevas características tales como LinkOut, Limits, History y Clipboard. PubMed enlazó con los artículos a texto completo de PubMed Central® y se implantó la utilidad “Cubby”. En 2001 comenzó el programa LinkOut for Libraries.

Linkout for libraries.png

En 2002 el filtro de revisiones sistemáticas se añadió a la página de Clinical Queries, se crearon dos nuevas bases de datos NCBI, Journals y MeSH (MeSH Database reemplazó el MeSH Browser), para proporcionar capacidades adicionales de búsqueda de PubMed y se añadió la opción de correo electrónico para el envío de los resultados de búsqueda.

En 2005 MyNCBI sustituyó a “Cubby”, permitiendo el envío automático de resultados de búsquedas salvadas, posibilidad de crearnos filtros personalizados para la recuperación por áreas de interés, la opción de destacar los términos de búsqueda y se añadió la opción de RSS para proporcionar actualizaciones diarias. En 2006 se rediseñaron los límites  con una interfaz mejorada y opciones adicionales para limitar las búsquedas.

PubMed continuó evolucionando y, en 2007, el motor de recuperación NCBI fue completamente rediseñado. En 2008, se incluyeron una serie de herramientas tales como “also try”Collections se añadió a las herramientas de usuario My NCBI, se mejoró el mapeo automático de términos y aparece la función de búsqueda avanzada de búsqueda.

En 2009 se incluyen una herramienta de la actividad reciente que hace un seguimiento de hasta 6 meses de búsquedas de un usuario de base de datos NCBI y de registros vistos y una interfaz totalmente renovada.

Nueva interfaz Pubmed.png

De 2010 a 2011, el PubMed rediseñó la página de búsqueda avanzada, una nueva página de límites, los términos de búsqueda fueron modificados para mostrase automáticamente en negrita , se añadió la opción de CSV dentro de enviar a archivo y los resúmenes estructurados y las imágenes se incorporaron a la pantalla de resumen.

Busqueda avanzada PubMed.png

PubMed Mobile se puso en marcha y base de datos MeSH y la página de Clinical Queries se rediseñaron para proporcionar la misma interfaz optimizada publicada anteriormente en PubMed.

Clinical Queries.png

En 2012 se incluye la gráfica de los resultados por año y la visualización de las imágenes de PubMed Central. La página de “Limits” se sustituye por una barra lateral izquierda de filtros.  El menú “Send to” incluyó una nueva opción de exportación a un gestor de referencias.

Filtros.png

En 2013 a 2014, se han añadido al “Abstract” las palabras clave de autor y los iconos de redes sociales y PubMed comenzó a aceptar y mostrar resúmenes en lengua no inglesa. Una nueva opción de ordenar por relevancia y descargar el historial de búsqueda se añadió a la página de búsqueda avanzada. PubMed Commons fue lanzado como una manera para que los autores compartan opiniones e información sobre publicaciones en PubMed.

Esto son las principales mejorar incorporadas a PubMed en los últimos 20 años, muchas de ellas anunciadas en biblioGETAFE, pero ya se están anunciando nuevas modificaciones para un futuro próximo. La verdad es que algunos de los cambios no siempre fueron bien recibidos pero, pasado el tiempo, podemos afirmar que las mejoras son innegables haciendo de PubMed el motor de búsqueda más utilizado para buscar en la base de datos MEDLINE.

Más información aquí.

 

 

Qué es mapeo automático de términos o “Automatic Term mapping” de PubMed

Cuando escribimos nuestra estrategia en la ventana inicial de PubMed el sistema recuperará los registros en los que encuentre correspondencia con los términos buscados en un proceso denominado mapeo automático de términos (“Automatic Term Mapping” o ATM).

PubMed de manera automática comprueba lo que hemos escrito frente a varios índices en el orden siguiente:

  • Temas (MeSH)
  • Revistas
  • Autores

El primer índice se denomina “MeSH Translation Table“ que incluye los encabezamientos MeSH, Subencabezamientos, Tipos de Publicación, Entry Term (conocidos como sinónimos), los Supplementary Concepts y sinónimos de los Supplementary Concepts.

Si encuentra una correspondencia en este índice “MeSH Translation table” el proceso se detiene y el término es mapeado al término MeSH correspondiente. La busqueda incluirá el MeSH, a lo que se añade la búsqueda de la frase cortada en palabras individuales que es buscada en todos los campos (All Fields). La búsqueda del MeSH incluye los términos jerárquicamente por debajo de él, es decir, hace la denominada búsqueda ampliada o “automatic explosion”.

Si, por ejemplo, escribimos Cancer, PubMed rastrea automáticamente el  término “cancer” y selecciona el término MeSH más apropiado, en este caso  “Neoplasms” y efectúa la búsqueda por él.  Además, PubMed busca el término MeSH “neoplasms” en todos los campos “All Fields”. Por último, PubMed busca el término “cancer”  en todos los campos “All Fields”. De tal forma que la estrategia sería:

“neoplasms”[MeSH Terms] OR “neoplasms”[All Fields] OR “cancer”[All Fields]

Solo hay una excepción, cuando el Supplementary Concepts (sustancias) o encabezamiento MeSH incluye un número o único caracter (e.j., protein c) no es dividido en palabras individuales y es buscado solo como frase en todos los campos (All Fields).

Si los términos son mapeados en la tabla MeSH, el proceso se detiene. Si algún término no es localizado en esta tabla, PubMed pasa a mapear por revistas buscando en la “Journals Translation Table” que incluye el nombre completo de la revista, abreviatura y número ISSN.

Si es encontrada una revista, esta es añadida a la búsqueda. El término también es buscado en todos los campos (All Fields) y el proceso se detiene aquí.

Si, por ejemplo, escribimos en la ventana de búsqueda Oncology reports, PubMed realiza el mapeo y la estrategia aplicada sería la siguiente:

“Oncol Rep”[Journal] OR (“oncology”[All Fields] AND “reports”[All Fields]) OR “oncology reports”[All Fields]

Si no encuentra correspondencia en “MeSH Translation table” ni en “Journals Translation Table” PubMed comprueba los nombres de autor. Si lo encuentra el proceso se detiene aquí.

Si no encuentra correspondencia, PubMed divide la frase en partes y repite el proceso de mapeo automático del término hasta que encuentra una correspondencia. Los términos que no encuentra correspondencia se buscarán en todos los campos (“All Fields”).

Hay que tener en cuenta que podemos evitar y no aplicará el mapeo automático del término:

  • Escribiendo la frase entrecomillada. P. ej.: “kidney allograft”
  • P. ej.: kidney allograft*
  • Cuando buscamos con etiquetas de campo. P. ej.: Cancer[ti]
  • Cuando buscamos desde el “Single citation matcher”.
  • Cuando usamos la búsqueda avanzada.

Cuánto tarda un artículo en estar indizado en MEDLINE

Hay que tener en cuenta que hay cierto retraso en la indización de artículos de PubMed. Esto determina que si queremos los últimos artículos de un tema, tendremos que utilizar en nuestra estrategia palabras clave además de los términos MeSH. Otra cosa que tenemos que saber es que un pequeño porcentaje de los artículos no están indexados con encabezamientos MeSH porque solo los podremos recuperarlos a través de palabras clave.

Tres meses después de la publicación, aproximadamente el 75% de los artículos se han indexado. El intervalo de tiempo entre cuando se introduce un artículo en PubMed y es indexado con términos MeSH se estima en más de 4 meses en revistas de farmacia (Rodriguez, R.W. Delay in indexing articles published in major pharmacy practice journals. Am J Health Syst Pharm. 2014;71:321–324.; Minguet, F., Salgado, T.M., van den Boogerd, L., Fernandez-Llimos, F. Quality of pharmacy-specific Medical Subject Headings (MeSH) assignment in pharmacy journals indexed in MEDLINE. Res Social Adm Pharm. 2015;11:686–695).

Sin embargo, en función del lugar de publicación y otros factores, puede tardar hasta 3 años para todos los artículos sean indexados (http://researchguides.uic.edu/c.php?g=252556&p=1683868).

Existe poca información sobre los factores que podrían contribuir a este retraso. Acaba de publicarse un trabajo en el que analiza estos factores para lo que revisa un total de 7906 artículos procedentes de 18 revistas. Este estudio encontró un retraso significativo entre el momento en que se disponía de los artículos en PubMed y cuando fueron indexados con términos MeSH. También se identificaron diferencias entre las revistas de diferente factor de impacto, áreas de interés y disciplina. Un factor de impacto superior se corresponde con un tiempo más rápido para la indexación pero los autores del estudio no identificaron un factor(s) claro que parezca conducir a un tiempo de indexación (Irwin AN, Rackham D. Comparison of the time-to-indexing in PubMed between biomedical journals according to impact factor, discipline, and focus. Res Social Adm Pharm. 2016 May 5. pii: S1551-7411(16)30019-5. doi: 10.1016/j.sapharm.2016.04.006. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 27215603).

Pasos para la búsqueda de información en una revisión sistemática (parte II)

En la primera parte vimos cuales los primeros pasos para la búsqueda de información en una revisión sistemática:

  • Si esta es la primera vez que hacemos una revisión sistemática podemos comenzar leyendo el Manual Cochrane de Revisiones Sistemáticas(Parte 2, Capítulo 6).
  • Comprobar si ya existe una revisión anterior o si está en curso.
  • Incorporar a un bibliotecario en el equipo.
  • Confeccionar un protocolo y registrarlo.

Una vez realizados estos preliminares toca el turno de la búsqueda bibliográfica. Lo primero sería hacer una búsqueda preliminar (conocida como scoping search ). Esta primera búsqueda nos ayudará a preparar el proyecto general, entender las preguntas clave, identificar las revisiones sistemáticas existentes, identificar el primer conjunto de estudios primarios potencialmente relevantes y estimar los recursos que van a ser necesarios para realizar la revisión sistemática.

Por lo general, esta búsqueda preliminar se centra en buscar sistemáticamente en fuentes de información preseleccionadas (p. ej.: en Medline con el filtro correspondiente, Cochrane Library, CRD Database, NICE, AHRQ,…) revisiones sistemáticas del tema. Otra posibilidad para esta búsqueda preliminar es aplicar otras técnicas de búsqueda como “snowballing” y “Similar Articles” en PubMed partiendo de un artículo relevante conocido por el equipo. Hay incluso quien recomienda el uso de twitter en esta fase de pre-búsqueda (https://twitter.com/giustini/status/735978949969223680).

En mi experiencia es importante hacer esta primera búsqueda y enviarla al equipo de la revisión para poder recibir su feedback. Además, sirve al bibliotecario para enfocar la búsqueda definitiva generando una lista de términos tras el análisis de los artículos relevantes localizados para su posterior utilización en la estrategia de búsqueda en MEDLINE y en el resto de recursos. Una herramienta muy útil para esto es el Yale MeSH Analizer.

Antes de desarrollar la estrategia de búsqueda debemos partir de una pregunta claramente formulada siguiendo el esquema PICOS (Patient or population / Intervention / Comparison / Outcome / Study design). Los conceptos más importantes serán incluidos en la estrategia de búsqueda. No debemos incluir demasiados conceptos y, en general, la estrategia debe incluir la población, intervención y tipos de diseño de estudio. El resultado o outcome no suele incluirse en la búsqueda. Para desarrollar la estrategia de búsqueda tenemos que utilizar MeSH combinado con texto libre con el operador OR. En esta fase de la búsqueda es importante separar en diferentes líneas la búsqueda con MeSH de la del texto libre. De esta forma evitaremos errores y no nos perderemos entre tantos términos. Para localizar tipos de estudio se debe emplear los filtros de estudio existentes validados y que ya he comentado en biblioGETAFE.

El paso siguiente será la selección de las fuentes de información. La producción de una revisión sistemática requiere la búsqueda sistemática en varias bases de datos bibliográficas. La búsqueda en MEDLINE es insuficiente aunque no existe evidencia de la cantidad de bases de datos en las que se debe buscar. El manual Cochrane menciona MEDLINE, EMBASE y CENTRAL como las tres bases de datos más importantes para estudios primarios.

Los principales recursos de ciencias de la salud son: MEDLINEEmbase / Cochrane Collaboration / CENTRAL / EconLit / Dare / CINAHL / LILACS / IMEMR / Global Health Library /POPLINE / PsycInfo / ERIC / AMED / HEED / Campbell Collaboration / Proquest Central / Scopus / Web of Science /Health Services  Research, …

Si el tema de interés consiste en medicamentos o dispositivos, debemos ponernos en contacto con el laboratorio o el fabricante para localizar estudios no publicados disponibles en sus bases de datos. Para los medicamentos disponemos también de: Drug Information Portal, ChemID Plus, ChemSpiderTOXNET,  DynaMed Plus, Micromedex, AHFS Drug Information, BMJ Best Practice, NICE (UK), SIGN (UK), National Guideline Clearinghouse (USA) (Oday R, Snowden L; Where to find information about drugs;Aust Prescr 2016;39:88-95).

Dependiendo del objetivo de nuestra revisión, bases de datos regionales como MEDES o de temas específicos pueden ser relevantes. Además de las fuentes de ciencias de la salud, algunas revisiones sistemáticas pueden requerir el uso de recursos no sanitarios. Decidir cuáles elegir va a depender tanto del tema de nuestra revisión como de la disponibilidad, coste, …