Novedad PubMed: Dos formas de buscar revisiones sistemáticas

Como todos los años hace, la NLM ha actualizado su listado de encabezamientos MeSH. Entre las novedades destaca el nuevo tipo de publicación “Systematic Review” que, además, ha aplicado de manera retrospectiva a las referencias de artículos que son revisiones sistemáticas (ver más en MEDLINE Data Changes—2019.

Por otro lado, la estrategia de búsqueda para el filtro de revisión sistemática también se ha actualizado de tal forma que solo recupera revisiones sistemáticas. Hasta ahora, este filtro recuperaba otros tipos de artículos, incluidos meta-análisis, revisiones de ensayos clínicos, medicina basada en la evidencia, guías, etc. En detalle este filtro es el siguiente:

(((systematic review[ti] OR systematic literature review[ti] OR systematic scoping review[ti] OR systematic narrative review[ti] OR systematic qualitative review[ti] OR systematic evidence review[ti] OR systematic quantitative review[ti] OR systematic meta-review[ti] OR systematic critical review[ti] OR systematic mixed studies review[ti] OR systematic mapping review[ti] OR systematic cochrane review[ti] OR systematic search and review[ti] OR systematic integrative review[ti]) NOT comment[pt] NOT (protocol[ti] OR protocols[ti])) NOT MEDLINE [subset]) OR (Cochrane Database Syst Rev[ta] AND review[pt]) OR systematic review[pt]

Por lo tanto, ahora podemos:

  1. Aplicar en nuestra búsqueda el filtro de revisión sistemática, disponible de tres maneras diferentes: en la opción que se encuentra en la barra lateral izquierda; incluyendo a nuestra estrategia de búsqueda “AND systematic[filter]”; o desde la pantalla de PubMed Clinical Queries.
  2. Utilizar “Systematic review[pt]“. Con esta última estrategia recuperaríamos menos referencias, al ser más restrictiva y, además, perder las referencias más recientes que todavía no han pasado por el proceso de indización de MEDLINE así como artículos de revistas que no forman parte de la base de datos MEDLINE pero si están incluidos en PubMed.

Más información aquí.

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¿Cómo buscar si un artículo tiene material suplementario?

PubMed Central (PMC) y PubMed ofrecen nuevos filtros de búsqueda para encontrar artículos de revistas con información de datos.
En PubMed podemos buscar citas con datos usando “data[filter]” para buscar artículos con enlaces a datos relacionados en cualquiera de los campos “Secondary Source ID” o “LinkOut—Other Literature Resources” que hay tras el resumen del artículo.

Pero es en PMC donde disponemos de filtros para localizar artículos con diversos tipos de datos asociados:

  • “has suppdata[filter]” para buscar artículos con material complementario asociado.
  • “has data avail[filter]” para buscar artículos que incluyen una disponibilidad de datos o una declaración de accesibilidad de datos.
  • “has data citations[filter]” para buscar artículos que incluyan citas de datos.
  • “has associated data[filter]” para encontrar todos los artículos con cualquier tipo de sección de datos descrita anteriormente.

PMC_ Suppl Data Plos

Además, después de ejecutar una búsqueda en PMC, se puede aplicar rápidamente el filtro disponible en la columna lateral izquierda “Associated Data” para recuperar artículos con cualquier tipo de datos.

PMC associated data.PNG

Por último, para aumentar la visibilidad de las citas de datos, las declaraciones de disponibilidad de datos y los materiales complementarios disponibles en los artículos, el texto del artículo en PMC incluye un cuadro de “Associated Data”.

PMC_Supplementary Data.PNG

Más información aquí.

¿Has recibido un correo electrónico de una revista en el que te solicita el envío de un trabajo para su publicación?

 

desconfianza

Si la respuesta es afirmativa aquí te dejo mi recomendación: DESCONFIA del correo y lee mi entrada Predatory Journals o revistas “Open Access” fraudulentas.

Además, y como continuación a la anterior entrada ¿Sabes que en PubMed se indizan revistas fraudulentas? , os recomiendo la lectura de la estupenda entrada Cómo detectar revistas depredadoras de mi compañera María de su blog Bibliovirtual.

predatory Journals.jpg

Existen revistas que hacen que los costes de edición sean pagados por los autores, y este es un modelo lícito, no obstante, debido al fenómeno masivo de las revistas Predator, la mayor parte de las revistas que cobran por publicar son fraudulentas. Aquí os dejo un ejemplo de correo spam de revista fraudulenta:

correo revista depredadora.jpg

¿Sabes que en PubMed se indizan revistas fraudulentas?

La National Library of Medicine produce la base de datos MEDLINE y el repositorio de revistas a texto completo PMC (PubMed Central). Desde 1997 el motor de búsqueda PubMed nos permite buscar en MEDLINE de forma gratuita. En la entrada anterior ¿Pero no es lo mismo PubMed que MEDLINE? explicada las diferencias existentes entre ambas y que PubMed no solo es MEDLINE aunque su mayor componente sea este. En el siguiente diagrama de Venn publicado por Andrea Manca y cols. (Manca A, Moher D, Cugusi L, Dvir Z, Deriu F. How predatory journals leak into PubMed. CMAJ. 2018 Sep 4;190(35):E1042-E1045. doi: 10.1503/cmaj.180154. PubMed PMID: 30181150; PubMed Central PMCID: PMC6148641.) podemos ver la diferencia de contenido cuantificada y representada su solapamiento.

PUBMED PMC MEDLINE solapamiento

En este artículo se indican las diferentes políticas de selección de revistas para su inclusión en PMC y MEDLINE que provoca la entrada “por la puerta de atrás” de artículos procedente de revistas fraudulentas a PubMed. A diferencia de la política de selección de revistas en MEDLINE, que es muy estricta, PubMed Central tiene un criterio más relajado y flexible.

Previamente a que una revista se incluya en PMC esta ha de cumplir los siguientes requisitos:

  1. Tener un ISSN debidamente registrado.
  2. Ha de estar dentro del ámbito de PMC, como se describe en la sección “PMC Scope“.
  3. Proporcionar a NLM acceso inmediato al contenido.
  4. Debe de estarse editando al menos 2 años y con un mínimo de 25 artículos (por ejemplo, investigación original o artículos de revisión, informes de casos clínicos) revisados por pares.  en forma final antes de presentar la solicitud.

Después hay un procedimiento de 6 pasos que incluye:

  1. Presentación de la solicitud;
  2. Evaluación inicial de la solicitud donde la NLM comprueba que la revista cumple con los requisitos de solicitud previa mencionados;
  3. Revisión de la calidad científica de la revista;
  4. Evaluación técnica donde el editor envía un conjunto representativo de archivos de muestra, que se evalúan para garantizar que los datos de la revista cumplen con los estándares técnicos de calidad de PMC;
  5. Postproducción, una vez completada la fase de evaluación de datos.
  6. Lanzamiento donde la NLM refrenda el “Participation Agreements and Options” del editor y publica la revista en el sitio público de PMC con la aprobación del editor.La participación continua en PMC requiere que una revista y el editor de la revista sigan cumpliendo con los estándares de calidad de NLM para PMC y la colección de NLM a lo largo del tiempo.

En la página “How to participate in PMC” tenéis descrito todo el proceso de forma detallada.

Sin embargo, Andrea Manca y cols. argumentan que la aplicación de estos requisitos no siempre es uniforme y algunas de las revistas que se indizan en PMC tienen menos de 2 años de antigüedad y menos de 25 artículos (a menudo menos de 10). Para conseguirlo la revista ha de demostrar que al menos cuenta con un autor acreditado en su consejo editorial. Por este motivo, las revistas depredadoras a menudo utilizan la identidad de investigadores acreditados que no saben que se les incluye en el consejo editorial de estas revistas. También, esto explica el número masivo de correos electrónicos spam diarios que reciben muchos investigadores con invitaciones para unirse a un comité editorial de una revista.

Para evitar que revistas fraudulentas o depredadoras se incluyan en PubMed los autores proponen que la National Library of Medicine eleve el nivel para la inclusión de revistas en PubMed y PubMed Central y exigir que todos las revistas candidatas cumplan con los exigentes requisitos de MEDLINE.

 

Nueva Biblioteca Cochrane ya disponible

La Cochrane Iberoamerica nos anuncia que a partir de esta semana los usuarios con acceso a la Biblioteca Cochrane serán dirigidos a la nueva plataforma recién estrenada. La suscripción que hace el Ministerio de Sanidad para toda España de La Cochrane Library Plus, ahora denominada Biblioteca Cochrane,  tiene un nuevo portal mejorado desde el pasado 10 de septiembre.

La principal novedad es que la nueva versión permite el acceso al formato libre y completo de la versión en inglés de las revisiones. Ello será siempre así a partir de ahora pues la Biblioteca Cochrane como tal está integrada en la nueva plataforma, siempre accesible desde www.bibliotecacochrane.com

El diseño de la nueva Biblioteca Cochrane está mejorado e incluye:

  • Un nuevo portal en español y acceso al contenido traducido a varios idiomas a través de una búsqueda básica.
  • Un diseño mejorado para las revisiones Cochrane, los registros de ensayos clínicos de CENTRAL y todos los demás contenidos.
  • Respuestas Clínicas Cochrane integradas al completo en la Biblioteca Cochrane.
  • Búsqueda simultánea en todos los tipos de contenido, incluidas las revisiones y protocolos Cochrane, CENTRAL, editoriales, colecciones especiales, Respuestas Clínicas Cochrane y otras revisiones sistemáticas de Epistemonikos.
  • Mejor visualización de los resultados de la búsqueda, incluyendo nuevos filtros de contenido, criterios de ordenación ampliados y opciones de exportación de múltiples registros.
  • Pestañas de búsqueda avanzada mejor integradas y búsqueda MeSH optimizada.
  • Enlace de los registros de CENTRAL con las revisiones Cochrane.
  • Fácil envío y visualización de los comentarios sobre las revisiones y protocolos Cochrane y los editoriales publicados.
  • Navegación sencilla entre las revisiones Cochrane y los podcasts, las Respuestas Clínicas Cochrane y los editoriales relacionados.

Nueva Cochrane.png

Versión antigua con la noticia del cambio

Nueva Cochrane 2018.png

Nueva interface de la Biblioteca Cochrane.

Para más detalles sobre su funcionamiento, se puede consultar un díptico aquí o un vídeo aquí.

Acceso a Aranzadi

A través de Saluda, Intranet de la Consejería de Sanidad dela Comunidad de Madrid, tenemos acceso a la base de datos Aranzadi Instituciones y Aranzadi “Expertos”. 

También disponemos de enlaces a más información de normativa y de Prevención de riesgos laborales en Saluda en el enlace “Saluda Normativa”.

También disponemos de acceso gratuito a EurLex, base de datos con legislación y documentos oficiales de la totalidad de las instituciones comunitarias

¿Qué es el nuevo algoritmo Best Match de PubMed?

Best Match es un nuevo algoritmo de búsqueda por relevancia para PubMed implantado en julio de 2017 que aprovecha la inteligencia de los usuarios y la tecnología de aprendizaje automático como una alternativa al orden por fecha que tradicionalmente nos ofrecía PubMed.

pm_best_match_fig1.png

Hasta hace poco de forma predeterminada los resultados se mostraban en orden cronológico inverso. Es decir, los artículos recién publicados primero. Si bien este orden de clasificación es deseable para buscar la información más reciente sobre un tema determinado o para un autor individual, puede no ser adecuado para otros tipos de búsquedas. Esto se agrava pues, como ocurre cuando buscamos en Google, más del 80% de los clics de los usuarios en los resultados de búsqueda ocurren en la primera página. Por lo tanto, para la mayoría de las consultas de PubMed con más de 20 resultados, los usuarios pueden fácilmente pasar por alto los documentos más útiles de la segunda o posteriores páginas.

Best Match se basa en un algoritmo de frecuencia de término ponderado. Incorpora el aprendizaje automático para volver a clasificar los principales artículos devueltos para una mayor relevancia. El algoritmo Best Match se construye con búsquedas pasadas de usuarios y con más de 150 señales de clasificación de relevancia (factores). La mayoría de estas señales se calculan a partir del número de coincidencias entre los términos de búsqueda y el registro de PubMed, mientras que otras son específicas de un registro (por ejemplo, tipo de publicación, año de publicación) o específicas de una búsqueda (por ejemplo, longitud de búsqueda).  journal.pbio.2005343.g002

Dado que generalmente los usuarios que ordenan por este nuevo algoritmo hacen clic en las citas de la primera página PubMed limita la lista de resultados a 10.000 referencias.

Si deseamos utilizar Best Match como nuestro orden predeterminado para los resultados de PubMed podemos cambiar las preferencias de nuestra cuenta de My NCBI .

Si quieres comprender mejor este nuevo algoritmo de PubMed no dejes de leer el artículo siguiente:

Fiorini N, Canese K, Starchenko G, Kireev E, Kim W, Miller V, Osipov M, Kholodov M, Ismagilov R, Mohan S, Ostell J, Lu Z. Best Match: New relevance search for PubMed. PLoS Biol. 2018 Aug 28;16(8):e2005343. doi: 10.1371/journal.pbio.2005343. eCollection 2018 Aug. PubMed PMID: 30153250.

También tienes más información aquí.