Revisiones sistemáticas: Cómo documentar las estrategias de búsqueda en bases de datos automatizadas

Los bibliotecarios que participan en un proyecto de revisión sistemática deben redactar la parte del manuscrito que se refiere a los resultados de búsqueda. En una anterior entrada hablaba de “Cómo documentar los artículos obtenidos en búsquedas no automatizadas en la metodología de búsqueda bibliográfica” en una revisión sistemática. Hoy voy a tratar cuestiones de estilo cuando documentamos la estrategia de búsqueda en bases de datos automatizadas siguiendo el modelo propuesto por el Manual de estilo Cochrane.

Lo primero es relativo al formato de elección para las bases de datos más frecuentemente utilizadas. La Cochrane nos indica que deben escribirse con letras mayúsculas: MEDLINE, CENTRAL, OLDMEDLINE y CINAHL (no CINHAL). Otras bases de datos usan una combinación de letras minúsculas y mayúsculas, por ejemplo, Embase (no EMBASE ), PsycLIT (no PsychLIT) y PsycINFO (no PsychINFO).

Las fuentes de búsqueda se han de mencionar en el apartado de “Métodos” como “Métodos de búsqueda para la identificación de estudios” siguiendo el siguiente orden: [Cochrane Group name] Specialised Register (o Specialized Register o Trials Register), CENTRAL, MEDLINE, Embase y cualquier otra base de datos.

También se han de describir brevemente en el resumen de la revisión sistemática, por ejemplo, “Se realizaron búsquedas en CENTRAL, MEDLINE, Embase, otras cinco bases de datos y tres registros de ensayos (mes y año)”.

En la sección Métodos de búsqueda, se debe proporcionar la fecha de la búsqueda más reciente (día/mes/año) junto con el número de versión o versión (según corresponda) de cada base de datos. La fecha de inicio de la base de datos debe darse cuando se conozca. Los nombres de las bases de datos deben incluir la plataforma o el nombre del proveedor y los sitios web deben incluir el nombre completo y la URL.

Algunos ejemplos:

  • MEDLINE Ovid (1946 al 10 de febrero de 2015);
  • Embase Ovid (desde 1974 hasta el 9 de febrero de 2015);
  • CINAHL EBSCO (1982 a 9 de febrero de 2015);
  • PsycINFO Ovid (de 1806 a 10 de febrero de 2015);
  • LILACS (1982 a 10 de febrero de 2015);
  • Registro ISRCTN (www.isrctn.com; busqueda realizada el 10 de febrero de 2015);
  • ClinicalTrials.gov (www.clinicaltrials.gov; búsquedas realizadas el 10 de febrero de 2015).

Los términos de búsqueda serán “palabras de texto” (“text words” en inglés) y términos del vocabulario indexado o controlado. El formato preferido para referirse al vocabulario controlado de la NLM utilizado para indexar artículos para MEDLINE (y PubMed ) es MeSH (no MESH).

Si mostramos los enlaces a sitios web dentro del texto copiaremos y pegaremos la URL del sitio web, pero eliminando los caracteres innecesarios del final de la URL. Por ejemplo:

https://www.researchinformation.info/news/digital-science-opens-russia-subsidiary?utm_source=adestra&utm_medium=RINewsline&utm_campaign=RI%20NL%20MAY17

Debe acortarse a:

https://www.researchinformation.info/news/digital-science-opens-russia-subsidiary

Hay que omitir el prefijo ‘http: //’ o ‘https: //’ de este campo, no omitir el ‘www.’ si está presente (aunque la dirección probablemente funcionará sin ella) y no agregar ‘www.’ si no está incluido.

Además, cuando enviemos nuestro manuscrito a publicar hay que tener en cuenta que la mayoría de las revistas siguen las guías PRISMA (Preferred Reporting Items for  Systematic Reviews and Meta-Analyses Checklist item 8) que indican que hay que publicar como apéndice del artículo la estrategia de búsqueda de, al menos, una base de datos principal de tal forma que pueda ser reproducible.

El formato puede ser similar al de este ejemplo adaptado del artículo Alejandria MM, Lansang MA, Dans LF, Mantaring JB. Intravenous immunoglobulin for treating sepsis and septic shock. Cochrane Database Syst Rev2002;(1):CD001090, doi:10.1002/14651858.CD001090:

Apéndice: “Estrategia de búsqueda: MEDLINE (OVID)

#1         immunoglobulins/

#2         immunoglobulin$.tw.

#3         ivig.tw.

#4         1 or 2 or 3

#5         sepsis/

#6         sepsis.tw.

#7         septic shock/

#8         septic shock.tw.

#9         septicemia/

#10        septicaemia.tw.

#11        septicemia.tw.

#12        5 or 6 or 7 or 8 or 9 or 10 or 11

#13        4 and 12

#14        randomised controlled trials/

#15        randomised-controlled-trial.pt.

#16        controlled-clinical-trial.pt.

#17        random allocation/

#18        double-blind method/

#19        single-blind method/

#20        14 or 15 or 16 or 17 or 18 or 19

#21        exp clinical trials/

#22        clinical-trial.pt.

#23        (clin$ adj trial$).ti,ab.

#24        ((singl$ or doubl$ or trebl$ or tripl$) adj (blind$)).ti,ab.

#25        placebos/

#26        placebo$.ti,ab.

#27        random$.ti,ab.

#28        21 or 22 or 23 or 24 or 25 or 26 or 27

#29        research design/

#30        comparative study/

#31        exp evaluation studies/

#32        follow-up studies/

#33        prospective studies/

#34        (control$ or prospective$ or volunteer$).ti,ab.

#35        30 or 31 or 32 or 33 or 34

#36        20 or 28 or 29 or 35

#37        13 and 36”

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¿Cuánto tiempo y personas son necesarias para realizar una revisión sistemática?

Recientemente en la lista que estoy subscrita IRMG se ha tratado el interesante tema del tiempo necesario para realizar una revisión sistemática y se ha aportado bibliografía de estudios sobre el tema. Este es un asunto que debe tenerse en cuenta antes de iniciar el proyecto y muchas veces somos los bibliotecarios los que alertamos a nuestros usuarios de la logística necesaria para llegar a buen puerto.

La realización de una revisión sistemática lleva mucho tiempo y no es una tarea a realizar en solitario, un grupo de 4-6 es el ideal debido a la gran cantidad de literatura que debe revisarse. Rohit Borah y cols. de la Universidad de Alabama han publicado un meta-análisis, utilizando el registro PROSPERO para cuantificar el tiempo y las persona necesarias para llevar a cabo una revisión sistemática. Este estudio proporciona una estimación actualizada del tiempo y el esfuerzo necesarios para realizar y publicar una revisión sistemática utilizando una amplia muestra de revisiones publicadas recientemente sobre una variedad de temas de intervenciones médicas. El tiempo medio estimado para completar el proyecto y publicar la revisión (desde inicio del registro del proyecto hasta la fecha de publicación) fue de 67,3 semanas (IQR = 42). El número de estudios encontrados en las búsquedas bibliográficas varió de 27 a 92 020; la tasa de rendimiento promedio de los estudios incluidos (eficiencia de la búsqueda o la tasa de rendimiento que se calcula dividiendo el número final de estudios incluidos por el número inicial de estudios encontrados, excluidos los duplicados, en la búsqueda bibliográfica) fue 2.94% (IQR = 2.5); y el número promedio de autores por revisión fue de 5, SD = 3.

En cuanto a los bibliotecarios médicos que participan en el una RS el cálculo del tiempo dedicado debe incluir las tareas específicas tales como el proceso de entrevista inicial y reuniones de seguimiento, desarrollo de estrategias de búsqueda, traducción de estrategias de búsqueda para volver a ejecutar en otras bases de datos, búsqueda en la literatura gris, realización de búsquedas manuales, documentación de la estrategia de búsqueda, utilización de software bibliográfico para la gestión y eliminación de duplicados y entrega de los resultados y redacción de la sección de métodos con la metodología de búsqueda. Recientemente Bullers y cols. estimaron que la duración acumulada en todas estas tareas fue de una media de 30.7 horas (SD = 30.0) con una mediana de 22 horas y un rango de 2 a 219 horas.

El resultado de referencias obtenidas tras las búsquedas y que hay que revisar suele ser muy abultado y suele desalentar a las personas que tienen que realizar la revisión. Sin embargo, la Cochrane en su manual (Cochrane Handbook,  Capítulo 6.4.4. Sensitivity versus precisión) nos dice que los resúmenes de artículos identificados a través de una búsqueda bibliográfica pueden ser revisados muy rápidamente para determinar la relevancia potencial. A una tasa de lectura estimada de forma conservadora de dos resúmenes por minuto, los resultados de una búsqueda en la base de datos pueden leerse a una tasa de 120 por hora (o aproximadamente 1000 en un período de 8 horas).

Por último, quiero mencionar PredicTER que es una herramienta de software para ayudar a los investigadores y profesionales a estimar el tiempo necesario para completar una revisión sistemática (SR) o un mapa sistemático (SM). Los valores predeterminados para cada entrada se toman de una encuesta de practicantes de síntesis de evidencia ambiental realizada por Neal Haddaway. PredicTER fue diseñado por Neal Haddaway (Stockholm Environment Institute) y Martin Westgate (Australian National University).

Referencias:

Borah R, Brown AW, Capers PL, et al. Analysis of the time and workers needed to conduct systematic reviews of medical interventions using data from the PROSPERO registry. BMJ Open 2017;7:e012545. doi: 10.1136/bmjopen-2016-012545

Allen IE, Olkin I. Estimating time to conduct a meta-analysis from number of citations retrieved. JAMA. 1999 Aug 18;282(7):634-5. PubMed PMID: 10517715

Bullers K, Howard AM, Hanson A, Kearns WD, Orriola JJ, Polo RL, Sakmar KA. It takes longer than you think: librarian time spent on systematic review tasks. J Med Libr Assoc. 2018 Apr;106(2):198-207. doi: 10.5195/jmla.2018.323. Epub 2018 Apr 1. PubMed PMID: 29632442; PubMed Central PMCID: PMC5886502

Saleh, A., Ratajeski, M., & Bertolet, M. (2014). Grey Literature Searching for Health Sciences Systematic Reviews: A Prospective Study of Time Spent and Resources Utilized. Evidence Based Library and Information Practice, 9(3), 28-50. https://doi.org/10.18438/B8DW3K

Herramientas para las búsquedas en revisiones sistemáticas: Conversores de estrategias de búsqueda

Cuando hacemos una búsqueda exhaustiva y sistemática de bibliográfica para un documento de síntesis de evidencia como una revisión sistemática, necesitamos buscar en más de una base de datos. En estos casos las estrategias de búsqueda son complejas e implican texto libre, términos de vocabulario controlado, comodines o sintaxis de adyacencia, por lo que la conversión no es un proceso sencillo. Además, las diferentes interfaces y motores de búsqueda tienen diferentes funciones disponibles e interpretan la lógica del usuario de formas distintas. Por ejemplo, la interfaz de PubMed hace la búsqueda ampliada o “explode” de los encabezados de materias MeSH de manera automática mientras que la interfaz de Ovid no lo hace. También los tesauros de encabezamientos de materias son distintos o incluso inexistentes como en la WOS (Más información aquí).

Por ello son útiles las herramientas que nos ayuda a “traducir” nuestra estrategia a diferentes bases de datos. Si bien no son perfectas, nos ayudan en un primer paso con la sintaxis de búsqueda. Entre los que utilizo destaco los dos siguientes:

MEDLINE Transpose
Este proyecto es una colaboración entre el College of Physicians and Surgeons of British Columbia (CPSBC)y la Collaboration for Leadership in Applied Health Research and Care South West Peninsula (PenCLAHRC).

Ha sido desarrollado para mitigar un problema de convertir la sintaxis de búsqueda entre las interfaces de PubMed y Ovid/MEDLINE.  Más información aquí.

Polyglot Search

En esta escribimos nuestra estrategia de búsqueda compleja en formato PubMed u Ovid MEDLINE y Polyglot Search intenta traducirla a cualquiera de los formatos admitidos del motor de búsqueda: EMBASE, WOS, CINAHL, SCOPUS, Cochrane,…
Systematic Review Accelerator.jpgEste módulo es parte del paquete de herramientas del Asistente de Revisión Sistemática gratuito del Bond University Centre for Research in Evidence-Based Practice. Polyglot Search Syntax Translator forma parte del Systematic Review Accelerator. Más información aquí.

¿Y tú, conoces algún conversor más?

Cómo acceder a UpToDate en dispositivos móviles (UpToDate Anywhere)

Por fin tenemos disponible la versión móvil de UpToDate o UpToDate Anywhere contratada por @sanidadgob. Gracias a esta mejora temenos la posibilidad de acceder desde una app para dispositivos móviles y la obtención de créditos de formación continuada. Otras ventajas es el  boletín de noticias clínicas “Current UpDate”, que destaca una selección de temas importantes añadidos recientemente a los apartados “Novedades” y “Actualizaciones que Cambian la Práctica Clínica” de UpToDate así como la posibilidad de personalizar nuestra experiencia para acceder rápidamente a los contenidos que necesitemos, cuando los necesitemos, con Historial, Favoritos, y Más visto.

UpToDate.JPG

El proceso es sencillo: hay que acceder a través de nuestro Portal de Bivlioteca Virtual con las claves personales de Biblioteca o a la dirección de UpToDate http://www.uptodate.com desde cualquier ordenador conectado a la red de tu hospital. Luego debemos registrarnos en UpToDate para tener un usuario y contraseña que posteriormente incluiréis en la app.

Una vez registrado podrás instalar la aplicación móvil hasta en dos dispositivos. Una vez descargada la app podremos acceder a la aplicación móvil con nuestro usuario y contraseña.

Además de la aplicación móvil, puedes acceder a UpToDate desde cualquier ordenador con acceso a Internet haciendo clic en el botón de “iniciar sesión” situado en la esquina superior derecha de la página principal, e introduciendo nuestro usuario y contraseña.

También, gracias al acuerdo mutuo entre el Consejo General de Colegios Oficiales de Médicos y UEMS-EACCME, los médicos españoles pueden aplicar los créditos FMC obtenidos de UpToDate a los requisitos de su país.

Para empezar a obtener créditos FMC hoy mismo, simplemente conéctate mediante tu clave de acceso a UpToDate, busca temas y descarga tu Certificación UpToDate y, a continuación, visita la página web “Solicitud Créditos UEMS”, sube el Certificado, introduce tu dirección de correo electrónico y tu número de documento nacional de identidad, y envíalo.

¿Todavía no te has registrado? Crea tu cuenta gratuita de UpToDate ahora. Mira las instrucciones en esta presentación:

PRISMA-P: elementos de informes preferidos para los protocolos de revisión sistemática y metaanálisis

Menos de la mitad de las revisiones sistemáticas indexadas en MEDLINE informan que trabajan a partir de un protocolo debido, en gran parte, a la falta de conocimiento de los autores sobre cómo escribirlos y qué incluir. Sin embargo, la preparación de un protocolo es un componente esencial del proceso de revisión sistemática. En el contexto de revisiones sistemáticas y meta-análisis, un protocolo es un documento que presenta un plan explícito para una revisión sistemática. El protocolo detalla los fundamentos y el enfoque metodológico y analítico a priori de la revisión.

PRISMA-P es una guía para ayudar a los autores a preparar protocolos para revisiones sistemáticas y metaanálisis que les proporcionen un conjunto mínimo de elementos para ser incluidos en el protocolo. El objetivo de un protocolo es proporcionar los fundamentos para la revisión y el enfoque metodológico y analítico planeado previamente, antes de iniciar una revisión. Los investigadores deben preparar un protocolo de revisión antes de registrarlo en PROSPERO (Registro Internacional Prospectivo de Revisiones Sistemáticas), de modo que los detalles que requieran mayor consideración se puedan ser tenidos en cuenta con anticipación, evitando la necesidad de enmiendas múltiples a la información de registro. Los ítems de PRISMA-P se han derivado principalmente de la lista de verificación de PRISMA y los ítems del registro de PROSPERO, a fin de facilitar el registro sin problemas.

En la tabla podéis ver la clecklist PROSPERO-P y en este enlace los diferentes documentos para su descarga.

PRISMA-P

 

Revisiones sistemáticas: Cómo documentar los artículos obtenidos en búsquedas no automatizadas en la metodología de búsqueda bibliográfica

Cambios en la Cochrane Library

En el número de 14 de octubre de The Review and Methods Digest anuncian cambios para 2017 en la Cochrane Library:

 

  • A principios de 2017 se implementaran mejoras en la pantalla y nuevas características para las revisiones Cochrane y otros artículos; mejoras en la CENTRAL; enlaces entre CDSR y CENTRAL y una interfaz de búsqueda mejorada.
  • Una nueva versión en español de la Cochrane Library, que incorpora el contenido traducido de la Cochrane Review en La Biblioteca Cochrane Plus.
  • The Cochrane Library también incorporará Cochrane Clinical Answers, con más de 1200 artículos vinculados a las revisiones Cochrane.
  • Una función de búsqueda federada permitirá búsquedas de otras revisiones sistemáticas a través Epistemonikos.
  • Se eliminaran varias bases de datos (DARE, HTA, EED) por falta de actualización.
  • El Cochrane Methodology Register  migrará y estará archivada en el sitio web Cochrane Methods.
  • La base de datos Cochrane Collaboration se eliminará.