Revisiones sistemáticas: Cómo documentar las estrategias de búsqueda en bases de datos automatizadas

Los bibliotecarios que participan en un proyecto de revisión sistemática deben redactar la parte del manuscrito que se refiere a los resultados de búsqueda. En una anterior entrada hablaba de “Cómo documentar los artículos obtenidos en búsquedas no automatizadas en la metodología de búsqueda bibliográfica” en una revisión sistemática. Hoy voy a tratar cuestiones de estilo cuando documentamos la estrategia de búsqueda en bases de datos automatizadas siguiendo el modelo propuesto por el Manual de estilo Cochrane.

Lo primero es relativo al formato de elección para las bases de datos más frecuentemente utilizadas. La Cochrane nos indica que deben escribirse con letras mayúsculas: MEDLINE, CENTRAL, OLDMEDLINE y CINAHL (no CINHAL). Otras bases de datos usan una combinación de letras minúsculas y mayúsculas, por ejemplo, Embase (no EMBASE ), PsycLIT (no PsychLIT) y PsycINFO (no PsychINFO).

Las fuentes de búsqueda se han de mencionar en el apartado de “Métodos” como “Métodos de búsqueda para la identificación de estudios” siguiendo el siguiente orden: [Cochrane Group name] Specialised Register (o Specialized Register o Trials Register), CENTRAL, MEDLINE, Embase y cualquier otra base de datos.

También se han de describir brevemente en el resumen de la revisión sistemática, por ejemplo, “Se realizaron búsquedas en CENTRAL, MEDLINE, Embase, otras cinco bases de datos y tres registros de ensayos (mes y año)”.

En la sección Métodos de búsqueda, se debe proporcionar la fecha de la búsqueda más reciente (día/mes/año) junto con el número de versión o versión (según corresponda) de cada base de datos. La fecha de inicio de la base de datos debe darse cuando se conozca. Los nombres de las bases de datos deben incluir la plataforma o el nombre del proveedor y los sitios web deben incluir el nombre completo y la URL.

Algunos ejemplos:

  • MEDLINE Ovid (1946 al 10 de febrero de 2015);
  • Embase Ovid (desde 1974 hasta el 9 de febrero de 2015);
  • CINAHL EBSCO (1982 a 9 de febrero de 2015);
  • PsycINFO Ovid (de 1806 a 10 de febrero de 2015);
  • LILACS (1982 a 10 de febrero de 2015);
  • Registro ISRCTN (www.isrctn.com; busqueda realizada el 10 de febrero de 2015);
  • ClinicalTrials.gov (www.clinicaltrials.gov; búsquedas realizadas el 10 de febrero de 2015).

Los términos de búsqueda serán “palabras de texto” (“text words” en inglés) y términos del vocabulario indexado o controlado. El formato preferido para referirse al vocabulario controlado de la NLM utilizado para indexar artículos para MEDLINE (y PubMed ) es MeSH (no MESH).

Si mostramos los enlaces a sitios web dentro del texto copiaremos y pegaremos la URL del sitio web, pero eliminando los caracteres innecesarios del final de la URL. Por ejemplo:

https://www.researchinformation.info/news/digital-science-opens-russia-subsidiary?utm_source=adestra&utm_medium=RINewsline&utm_campaign=RI%20NL%20MAY17

Debe acortarse a:

https://www.researchinformation.info/news/digital-science-opens-russia-subsidiary

Hay que omitir el prefijo ‘http: //’ o ‘https: //’ de este campo, no omitir el ‘www.’ si está presente (aunque la dirección probablemente funcionará sin ella) y no agregar ‘www.’ si no está incluido.

Además, cuando enviemos nuestro manuscrito a publicar hay que tener en cuenta que la mayoría de las revistas siguen las guías PRISMA (Preferred Reporting Items for  Systematic Reviews and Meta-Analyses Checklist item 8) que indican que hay que publicar como apéndice del artículo la estrategia de búsqueda de, al menos, una base de datos principal de tal forma que pueda ser reproducible.

El formato puede ser similar al de este ejemplo adaptado del artículo Alejandria MM, Lansang MA, Dans LF, Mantaring JB. Intravenous immunoglobulin for treating sepsis and septic shock. Cochrane Database Syst Rev2002;(1):CD001090, doi:10.1002/14651858.CD001090:

Apéndice: “Estrategia de búsqueda: MEDLINE (OVID)

#1         immunoglobulins/

#2         immunoglobulin$.tw.

#3         ivig.tw.

#4         1 or 2 or 3

#5         sepsis/

#6         sepsis.tw.

#7         septic shock/

#8         septic shock.tw.

#9         septicemia/

#10        septicaemia.tw.

#11        septicemia.tw.

#12        5 or 6 or 7 or 8 or 9 or 10 or 11

#13        4 and 12

#14        randomised controlled trials/

#15        randomised-controlled-trial.pt.

#16        controlled-clinical-trial.pt.

#17        random allocation/

#18        double-blind method/

#19        single-blind method/

#20        14 or 15 or 16 or 17 or 18 or 19

#21        exp clinical trials/

#22        clinical-trial.pt.

#23        (clin$ adj trial$).ti,ab.

#24        ((singl$ or doubl$ or trebl$ or tripl$) adj (blind$)).ti,ab.

#25        placebos/

#26        placebo$.ti,ab.

#27        random$.ti,ab.

#28        21 or 22 or 23 or 24 or 25 or 26 or 27

#29        research design/

#30        comparative study/

#31        exp evaluation studies/

#32        follow-up studies/

#33        prospective studies/

#34        (control$ or prospective$ or volunteer$).ti,ab.

#35        30 or 31 or 32 or 33 or 34

#36        20 or 28 or 29 or 35

#37        13 and 36”

Filtro de búsqueda para estudios en humanos

Para excluir los estudios en animales mientras se hace una revisión sistemática, las diferentes bases de datos requieren diferentes estrategias de búsqueda. A continuación se muestran estas estrategias según la base de datos utilizada.

Búsqueda en PubMed. Disponemos de dos opciones para excluir los estudios con animales:

NOT (animals [mh] NOT humans [mh])

NOT (“Animals”[Mesh] NOT (“Animals”[Mesh] AND “Humans”[Mesh]))

Búsqueda en Medline (Ovid). Las dos estrategias siguientes funcionan bien para excluir los estudios con animales en Medline, podemos usar cualquiera de los dos:

NOT (exp animals/ not humans.sh.)

NOT (Animals/ NOT (Animals/ AND Humans/))

Búsqueda en Embase (Ovid)

NOT ((exp animal/ or nonhuman/) NOT exp human/)

Búsqueda en Embase.com

AND ([animals]/lim NOT [humans]/lim)

Referencia:

Higgins JPT, Green S (editors). Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 5.1.0 [updated March 2011]. The Cochrane Collaboration, 2011. Available from http://training.cochrane.org/handbook, Chapter 2, section 6.4.

Filtro de búsqueda de artículos de experimentación en animales

Para buscar los estudios en animales mientras se hace una revisión sistemática, las diferentes bases de datos requieren diferentes estrategias de búsqueda. A continuación se muestran estas estrategias según la base de datos utilizada.

Filtro para PubMed:

(“animal experimentation”[MeSH Terms] OR “models, animal”[MeSH Terms] OR “invertebrates”[MeSH Terms] OR “Animals”[Mesh:noexp] OR “animal population groups”[MeSH Terms] OR “chordata”[MeSH Terms:noexp] OR “chordata, nonvertebrate”[MeSH Terms] OR “vertebrates”[MeSH Terms:noexp] OR “amphibians”[MeSH Terms] OR “birds”[MeSH Terms] OR “fishes”[MeSH Terms] OR “reptiles”[MeSH Terms] OR “mammals”[MeSH Terms:noexp] OR “primates”[MeSH Terms:noexp] OR “artiodactyla”[MeSH Terms] OR “carnivora”[MeSH Terms] OR “cetacea”[MeSH Terms] OR “chiroptera”[MeSH Terms] OR “elephants”[MeSH Terms] OR “hyraxes”[MeSH Terms] OR “insectivora”[MeSH Terms] OR “lagomorpha”[MeSH Terms] OR “marsupialia”[MeSH Terms] OR “monotremata”[MeSH Terms] OR “perissodactyla”[MeSH Terms] OR “rodentia”[MeSH Terms] OR “scandentia”[MeSH Terms] OR “sirenia”[MeSH Terms] OR “xenarthra”[MeSH Terms] OR “haplorhini”[MeSH Terms:noexp] OR “strepsirhini”[MeSH Terms] OR “platyrrhini”[MeSH Terms] OR “tarsii”[MeSH Terms] OR “catarrhini”[MeSH Terms:noexp] OR “cercopithecidae”[MeSH Terms] OR “hylobatidae”[MeSH Terms] OR “hominidae”[MeSH Terms:noexp] OR “gorilla gorilla”[MeSH Terms] OR “pan paniscus”[MeSH Terms] OR “pan troglodytes”[MeSH Terms] OR “pongo pygmaeus”[MeSH Terms]) OR ((animals[tiab] OR animal[tiab] OR mice[Tiab] OR mus[Tiab] OR mouse[Tiab] OR murine[Tiab] OR woodmouse[tiab] OR rats[Tiab] OR rat[Tiab] OR murinae[Tiab] OR muridae[Tiab] OR cottonrat[tiab] OR cottonrats[tiab] OR hamster[tiab] OR hamsters[tiab] OR cricetinae[tiab] OR rodentia[Tiab] OR rodent[Tiab] OR rodents[Tiab] OR pigs[Tiab] OR pig[Tiab] OR swine[tiab] OR swines[tiab] OR piglets[tiab] OR piglet[tiab] OR boar[tiab] OR boars[tiab] OR “sus scrofa”[tiab] OR ferrets[tiab] OR ferret[tiab] OR polecat[tiab] OR polecats[tiab] OR “mustela putorius”[tiab] OR “guinea pigs”[Tiab] OR “guinea pig”[Tiab] OR cavia[Tiab] OR callithrix[Tiab] OR marmoset[Tiab] OR marmosets[Tiab] OR cebuella[Tiab] OR hapale[Tiab] OR octodon[Tiab] OR chinchilla[Tiab] OR chinchillas[Tiab] OR gerbillinae[Tiab] OR gerbil[Tiab] OR gerbils[Tiab] OR jird[Tiab] OR jirds[Tiab] OR merione[Tiab] OR meriones[Tiab] OR rabbits[Tiab] OR rabbit[Tiab] OR hares[Tiab] OR hare[Tiab] OR diptera[Tiab] OR flies[Tiab] OR fly[Tiab] OR dipteral[Tiab] OR drosphila[Tiab] OR drosophilidae[Tiab] OR cats[Tiab] OR cat[Tiab] OR carus[Tiab] OR felis[Tiab] OR nematoda[Tiab] OR nematode[Tiab] OR nematoda[Tiab] OR nematode[Tiab] OR nematodes[Tiab] OR sipunculida[Tiab] OR dogs[Tiab] OR dog[Tiab] OR canine[Tiab] OR canines[Tiab] OR canis[Tiab] OR sheep[Tiab] OR sheeps[Tiab] OR mouflon[Tiab] OR mouflons[Tiab] OR ovis[Tiab] OR goats[Tiab] OR goat[Tiab] OR capra[Tiab] OR capras[Tiab] OR rupicapra[Tiab] OR chamois[Tiab] OR haplorhini[Tiab] OR monkey[Tiab] OR monkeys[Tiab] OR anthropoidea[Tiab] OR anthropoids[Tiab] OR saguinus[Tiab] OR tamarin[Tiab] OR tamarins[Tiab] OR leontopithecus[Tiab] OR hominidae[Tiab] OR ape[Tiab] OR apes[Tiab] OR pan[Tiab] OR paniscus[Tiab] OR “pan paniscus”[Tiab] OR bonobo[Tiab] OR bonobos[Tiab] OR troglodytes[Tiab] OR “pan troglodytes”[Tiab] OR gibbon[Tiab] OR gibbons[Tiab] OR siamang[Tiab] OR siamangs[Tiab] OR nomascus[Tiab] OR symphalangus[Tiab] OR chimpanzee[Tiab] OR chimpanzees[Tiab] OR prosimians[Tiab] OR “bush baby”[Tiab] OR prosimian[Tiab] OR bush babies[Tiab] OR galagos[Tiab] OR galago[Tiab] OR pongidae[Tiab] OR gorilla[Tiab] OR gorillas[Tiab] OR pongo[Tiab] OR pygmaeus[Tiab] OR “pongo pygmaeus”[Tiab] OR orangutans[Tiab] OR pygmaeus[Tiab] OR lemur[Tiab] OR lemurs[Tiab] OR lemuridae[Tiab] OR horse[Tiab] OR horses[Tiab] OR pongo[Tiab] OR equus[Tiab] OR cow[Tiab] OR calf[Tiab] OR bull[Tiab] OR chicken[Tiab] OR chickens[Tiab] OR gallus[Tiab] OR quail[Tiab] OR bird[Tiab] OR birds[Tiab] OR quails[Tiab] OR poultry[Tiab] OR poultries[Tiab] OR fowl[Tiab] OR fowls[Tiab] OR reptile[Tiab] OR reptilia[Tiab] OR reptiles[Tiab] OR snakes[Tiab] OR snake[Tiab] OR lizard[Tiab] OR lizards[Tiab] OR alligator[Tiab] OR alligators[Tiab] OR crocodile[Tiab] OR crocodiles[Tiab] OR turtle[Tiab] OR turtles[Tiab] OR amphibian[Tiab] OR amphibians[Tiab] OR amphibia[Tiab] OR frog[Tiab] OR frogs[Tiab] OR bombina[Tiab] OR salientia[Tiab] OR toad[Tiab] OR toads[Tiab] OR “epidalea calamita”[Tiab] OR salamander[Tiab] OR salamanders[Tiab] OR eel[Tiab] OR eels[Tiab] OR fish[Tiab] OR fishes[Tiab] OR pisces[Tiab] OR catfish[Tiab] OR catfishes[Tiab] OR siluriformes[Tiab] OR arius[Tiab] OR heteropneustes[Tiab] OR sheatfish[Tiab] OR perch[Tiab] OR perches[Tiab] OR percidae[Tiab] OR perca[Tiab] OR trout[Tiab] OR trouts[Tiab] OR char[Tiab] OR chars[Tiab] OR salvelinus[Tiab] OR “fathead minnow”[Tiab] OR minnow[Tiab] OR cyprinidae[Tiab] OR carps[Tiab] OR carp[Tiab] OR zebrafish[Tiab] OR zebrafishes[Tiab] OR goldfish[Tiab] OR goldfishes[Tiab] OR guppy[Tiab] OR guppies[Tiab] OR chub[Tiab] OR chubs[Tiab] OR tinca[Tiab] OR barbels[Tiab] OR barbus[Tiab] OR pimephales[Tiab] OR promelas[Tiab] OR “poecilia reticulata”[Tiab] OR mullet[Tiab] OR mullets[Tiab] OR seahorse[Tiab] OR seahorses[Tiab] OR mugil curema[Tiab] OR atlantic cod[Tiab] OR shark[Tiab] OR sharks[Tiab] OR catshark[Tiab] OR anguilla[Tiab] OR salmonid[Tiab] OR salmonids[Tiab] OR whitefish[Tiab] OR whitefishes[Tiab] OR salmon[Tiab] OR salmons[Tiab] OR sole[Tiab] OR solea[Tiab] OR “sea lamprey”[Tiab] OR lamprey[Tiab] OR lampreys[Tiab] OR pumpkinseed[Tiab] OR sunfish[Tiab] OR sunfishes[Tiab] OR tilapia[Tiab] OR tilapias[Tiab] OR turbot[Tiab] OR turbots[Tiab] OR flatfish[Tiab] OR flatfishes[Tiab] OR sciuridae[Tiab] OR squirrel[Tiab] OR squirrels[Tiab] OR chipmunk[Tiab] OR chipmunks[Tiab] OR suslik[Tiab] OR susliks[Tiab] OR vole[Tiab] OR voles[Tiab] OR lemming[Tiab] OR lemmings[Tiab] OR muskrat[Tiab] OR muskrats[Tiab] OR lemmus[Tiab] OR otter[Tiab] OR otters[Tiab] OR marten[Tiab] OR martens[Tiab] OR martes[Tiab] OR weasel[Tiab] OR badger[Tiab] OR badgers[Tiab] OR ermine[Tiab] OR mink[Tiab] OR minks[Tiab] OR sable[Tiab] OR sables[Tiab] OR gulo[Tiab] OR gulos[Tiab] OR wolverine[Tiab] OR wolverines[Tiab] OR minks[Tiab] OR mustela[Tiab] OR llama[Tiab] OR llamas[Tiab] OR alpaca[Tiab] OR alpacas[Tiab] OR camelid[Tiab] OR camelids[Tiab] OR guanaco[Tiab] OR guanacos[Tiab] OR chiroptera[Tiab] OR chiropteras[Tiab] OR bat[Tiab] OR bats[Tiab] OR fox[Tiab] OR foxes[Tiab] OR iguana[Tiab] OR iguanas[Tiab] OR xenopus laevis[Tiab] OR parakeet[Tiab] OR parakeets[Tiab] OR parrot[Tiab] OR parrots[Tiab] OR donkey[Tiab] OR donkeys[Tiab] OR mule[Tiab] OR mules[Tiab] OR zebra[Tiab] OR zebras[Tiab] OR shrew[Tiab] OR shrews[Tiab] OR bison[Tiab] OR bisons[Tiab] OR buffalo[Tiab] OR buffaloes[Tiab] OR deer[Tiab] OR deers[Tiab] OR bear[Tiab] OR bears[Tiab] OR panda[Tiab] OR pandas[Tiab] OR “wild hog”[Tiab] OR “wild boar”[Tiab] OR fitchew[Tiab] OR fitch[Tiab] OR beaver[Tiab] OR beavers[Tiab] OR jerboa[Tiab] OR jerboas[Tiab] OR capybara[Tiab] OR capybaras[Tiab]) NOT medline[subset])

Referencias:

Hooijmans CR1, Tillema A, Leenaars M, Ritskes-Hoitinga M. Enhancing search efficiency by means of a search filter for finding all studies on animal experimentation in PubMed. Lab Anim. 2010 Jul;44(3):170-5. doi: 10.1258/la.2010.009117. Epub 2010 Jun 15.

Filtro para EMBASE.com:

exp animal experiment/ or exp animal model/ or exp experimental animal/ or exp transgenic animal/ or exp male animal/ or exp female animal/ or exp juvenile animal/ OR animal/ OR chordata/ OR vertebrate/ OR tetrapod/ OR exp fish/ OR amniote/ OR exp amphibia/ OR mammal/ OR exp reptile/ OR exp sauropsid/ OR therian/OR exp monotremate/ OR placental mammals/ OR exp marsupial/ OR Euarchontoglires/ OR exp Afrotheria/ OR exp Boreoeutheria/ OR exp Laurasiatheria/ OR exp Xenarthra/ OR primate/ OR exp Dermoptera/ OR exp Glires/ OR exp Scandentia/ OR Haplorhini/ OR exp prosimian/ OR simian/ OR exp tarsiiform/ OR Catarrhini/ OR exp Platyrrhini/ OR ape/ OR exp Cercopithecidae/ OR hominid/ OR exp hylobatidae/ OR exp chimpanzee/ OR exp gorilla/ OR exp orang utan/ OR (animal OR animals OR pisces OR fish OR fishes OR catfish OR catfishes OR sheatfish OR silurus OR arius OR heteropneustes OR clarias OR gariepinus OR fathead minnow OR fathead minnows OR pimephales OR promelas OR cichlidae OR trout OR trouts OR char OR chars OR salvelinus OR salmo OR oncorhynchus OR guppy OR guppies OR millionfish OR poecilia OR goldfish OR goldfishes OR carassius OR auratus OR mullet OR mullets OR mugil OR curema OR shark OR sharks OR cod OR cods OR gadus OR morhua OR carp OR carps OR cyprinus OR carpio OR killifish OR eel OR eels OR anguilla OR zander OR sander OR lucioperca OR stizostedion OR turbot OR turbots OR psetta OR flatfish OR flatfishes OR plaice OR pleuronectes OR platessa OR tilapia OR tilapias OR oreochromis OR sarotherodon OR common sole OR dover sole OR solea OR zebrafish OR zebrafishes OR danio OR rerio OR seabass OR dicentrarchus OR labrax OR morone OR lamprey OR lampreys OR petromyzon OR pumpkinseed OR pumpkinseeds OR lepomis OR gibbosus OR herring OR clupea OR harengus OR amphibia OR amphibian OR amphibians OR anura OR salientia OR frog OR frogs OR rana OR toad OR toads OR bufo OR xenopus OR laevis OR bombina OR epidalea OR calamita OR salamander OR salamanders OR newt OR newts OR triturus OR reptilia OR reptile OR reptiles OR bearded dragon OR pogona OR vitticeps OR iguana OR iguanas OR lizard OR lizards OR anguis fragilis OR turtle OR turtles OR snakes OR snake OR aves OR bird OR birds OR quail OR quails OR coturnix OR bobwhite OR colinus OR virginianus OR poultry OR poultries OR fowl OR fowls OR chicken OR chickens OR gallus OR zebra finch OR taeniopygia OR guttata OR canary OR canaries OR serinus OR canaria OR parakeet OR parakeets OR grasskeet OR parrot OR parrots OR psittacine OR psittacines OR shelduck OR tadorna OR goose OR geese OR branta OR leucopsis OR woodlark OR lullula OR flycatcher OR ficedula OR hypoleuca OR dove OR doves OR geopelia OR cuneata OR duck OR ducks OR greylag OR graylag OR anser OR harrier OR circus pygargus OR red knot OR great knot OR calidris OR canutus OR godwit OR limosa OR lapponica OR meleagris OR gallopavo OR jackdaw OR corvus OR monedula OR ruff OR philomachus OR pugnax OR lapwing OR peewit OR plover OR vanellus OR swan OR cygnus OR columbianus OR bewickii OR gull OR chroicocephalus OR ridibundus OR albifrons OR great tit OR parus OR aythya OR fuligula OR streptopelia OR risoria OR spoonbill OR platalea OR leucorodia OR blackbird OR turdus OR merula OR blue tit OR cyanistes OR pigeon OR pigeons OR columba OR pintail OR anas OR starling OR sturnus OR owl OR athene noctua OR pochard OR ferina OR cockatiel OR nymphicus OR hollandicus OR skylark OR alauda OR tern OR sterna OR teal OR crecca OR oystercatcher OR haematopus OR ostralegus OR shrew OR shrews OR sorex OR araneus OR crocidura OR russula OR european mole OR talpa OR chiroptera OR bat OR bats OR eptesicus OR serotinus OR myotis OR dasycneme OR daubentonii OR pipistrelle OR pipistrellus OR cat OR cats OR felis OR catus OR feline OR dog OR dogs OR canis OR canine OR canines OR otter OR otters OR lutra OR badger OR badgers OR meles OR fitchew OR fitch OR foumart or foulmart OR ferrets OR ferret OR polecat OR polecats OR mustela OR putorius OR weasel OR weasels OR fox OR foxes OR vulpes OR common seal OR phoca OR vitulina OR grey seal OR halichoerus OR horse OR horses OR equus OR equine OR equidae OR donkey OR donkeys OR mule OR mules OR pig OR pigs OR swine OR swines OR hog OR hogs OR boar OR boars OR porcine OR piglet OR piglets OR sus OR scrofa OR llama OR llamas OR lama OR glama OR deer OR deers OR cervus OR elaphus OR cow OR cows OR bos taurus OR bos indicus OR bovine OR bull OR bulls OR cattle OR bison OR bisons OR sheep OR sheeps OR ovis aries OR ovine OR lamb OR lambs OR mouflon OR mouflons OR goat OR goats OR capra OR caprine OR chamois OR rupicapra OR leporidae OR lagomorpha OR lagomorph OR rabbit OR rabbits OR oryctolagus OR cuniculus OR laprine OR hares OR lepus OR rodentia OR rodent OR rodents OR murinae OR mouse OR mice OR mus OR musculus OR murine OR woodmouse OR apodemus OR rat OR rats OR rattus OR norvegicus OR guinea pig OR guinea pigs OR cavia OR porcellus OR hamster OR hamsters OR mesocricetus OR cricetulus OR cricetus OR gerbil OR gerbils OR jird OR jirds OR meriones OR unguiculatus OR jerboa OR jerboas OR jaculus OR chinchilla OR chinchillas OR beaver OR beavers OR castor fiber OR castor canadensis OR sciuridae OR squirrel OR squirrels OR sciurus OR chipmunk OR chipmunks OR marmot OR marmots OR marmota OR suslik OR susliks OR spermophilus OR cynomys OR cottonrat OR cottonrats OR sigmodon OR vole OR voles OR microtus OR myodes OR glareolus OR primate OR primates OR prosimian OR prosimians OR lemur OR lemurs OR lemuridae OR loris OR bush baby OR bush babies OR bushbaby OR bushbabies OR galago OR galagos OR anthropoidea OR anthropoids OR simian OR simians OR monkey OR monkeys OR marmoset OR marmosets OR callithrix OR cebuella OR tamarin OR tamarins OR saguinus OR leontopithecus OR squirrel monkey OR squirrel monkeys OR saimiri OR night monkey OR night monkeys OR owl monkey OR owl monkeys OR douroucoulis OR aotus OR spider monkey OR spider monkeys OR ateles OR baboon OR baboons OR papio OR rhesus monkey OR macaque OR macaca OR mulatta OR cynomolgus OR fascicularis OR green monkey OR green monkeys OR chlorocebus OR vervet OR vervets OR pygerythrus OR hominoidea OR ape OR apes OR hylobatidae OR gibbon OR gibbons OR siamang OR siamangs OR nomascus OR symphalangus OR hominidae OR orangutan OR orangutans OR pongo OR chimpanzee OR chimpanzees OR pan troglodytes OR bonobo OR bonobos OR pan paniscus OR gorilla OR gorillas OR troglodytes).ti,ab

Referencias:

de Vries RB1, Hooijmans CR, Tillema A, Leenaars M, Ritskes-Hoitinga M. Updated version of the Embase search filter for animal studies. Lab Anim. 2014 Jan;48(1):88. doi: 10.1177/0023677213494374. Epub 2013 Jul 8.

de Vries, RB, Hooijmans, CR, Tillema, A, Leenaars, M, Ritskes-Hoitinga, M. A search filter for increasing the retrieval of animal studies in Embase. Lab Anim 2011; 45: 268270. Google Scholar, SAGE Journals,ISI. doi: 10.1258/la.2011.011056. Epub 2011 Sep 2. 

Hooijmans, CR, Tillema, A, Leenaars, M, Ritskes-Hoitinga, M. Enhancing search efficiency by means of a search filter for finding all studies on animal experimentation in PubMed. Lab Anim 2010; 44: 170175.Google Scholar, SAGE Journals,ISI

Leenaars, M, Hooijmans, CR, van Veggel, N. A step-by-step guide to systematically identify all relevant animal studies. Lab Anim 2012; 46: 2431. Google Scholar, SAGE Journals, ISI

Qué es MEDLINE

MEDLINEEn la entrada ¿Pero no es lo mismo PubMed que MEDLINE? explicaba las principales diferencias, con datos, de ambos.

Ahora, la NLM, ha publicado la actualización del MEDLINE Fact Sheet con la información básica y actualizada de esta base de datos.

En resumen nos encontramos que MEDLINE:

  • Es una base de datos bibliográfica que contiene más de 23 millones de referencias a artículos de revistas en ciencias de la vida con una concentración en la biomedicina. El resultado de una búsqueda en MEDLINE/PubMed es una lista de citas (incluyendo los autores, título, fuente, y, a menudo un resumen) a artículos de revistas y una indicación de la disponibilidad de texto completo electrónico gratuito. La búsqueda es gratis y no requiere registro.
  • Los registros se indexan con el tesauro Medical Subject Headings (MeSH ®).
  • MEDLINE es el componente principal de PubMed ®.
  • Cobertura temporal: desde 1946 (OLDMEDLINE) hasta la actualidad .
  • Fuentecitas de más de 5.600 revistas en todo el mundo en 40 idiomas. Aproximadamente el 93% está publicado en Inglés , y alrededor del 85% tienen inglés resúmenes escritos por autores de los artículos.
  • Actualizaciones: Desde junio de 2014 se añaden citas los 7 días a la semana. En 2015 se añadieron más de 806.000 referencias.
  • Cobertura temática: El ámbito objeto de MEDLINE es la biomedicina y la salud.

¡Feliz 20 aniversario PubMed! Cambios durante dos décadas

Ya han pasado 20 años desde que en enero de 1996 comenzara PubMed como una base de datos experimental en el marco del sistema de recuperación Entrez del NCBI (National Center for Biotechnology Information) con pleno acceso a MEDLINE ®. El 26 de junio de 1997, en una conferencia de Capitol Hill Press, se anunció oficialmente el acceso libre de MEDLINE a través de PubMed.

NLM Technical Bulletin Free PubMed.png

Desde entonces PubMed ha ido cambiando y mejorando continuamente, cosa que sabemos bien aquellos que utilizamos este motor de búsqueda a diario y que nos dedicamos a enseñar su funcionamiento a los usuarios de nuestras bibliotecas. Paso a resumir las mejoras más relevantes de estos últimos 20 años.

El 26 de enero de 1998 PubMed fue rediseñado con muchas mejoras útiles, incluyendo el MeSH® Browser, el Single Citation Matcher, la búsqueda ampliada automática de términos MeSH (“exploding”), el mapeo de sinónimos de Name of Substances y el botón Detalles (“Details”). Al año siguiente se incorporó la posibilidad de combinación de búsqueda por término MeSH y subencabezamiento.

PubMed fue rediseñado significativamente en 2000 integrando nuevas características tales como LinkOut, Limits, History y Clipboard. PubMed enlazó con los artículos a texto completo de PubMed Central® y se implantó la utilidad “Cubby”. En 2001 comenzó el programa LinkOut for Libraries.

Linkout for libraries.png

En 2002 el filtro de revisiones sistemáticas se añadió a la página de Clinical Queries, se crearon dos nuevas bases de datos NCBI, Journals y MeSH (MeSH Database reemplazó el MeSH Browser), para proporcionar capacidades adicionales de búsqueda de PubMed y se añadió la opción de correo electrónico para el envío de los resultados de búsqueda.

En 2005 MyNCBI sustituyó a “Cubby”, permitiendo el envío automático de resultados de búsquedas salvadas, posibilidad de crearnos filtros personalizados para la recuperación por áreas de interés, la opción de destacar los términos de búsqueda y se añadió la opción de RSS para proporcionar actualizaciones diarias. En 2006 se rediseñaron los límites  con una interfaz mejorada y opciones adicionales para limitar las búsquedas.

PubMed continuó evolucionando y, en 2007, el motor de recuperación NCBI fue completamente rediseñado. En 2008, se incluyeron una serie de herramientas tales como “also try”Collections se añadió a las herramientas de usuario My NCBI, se mejoró el mapeo automático de términos y aparece la función de búsqueda avanzada de búsqueda.

En 2009 se incluyen una herramienta de la actividad reciente que hace un seguimiento de hasta 6 meses de búsquedas de un usuario de base de datos NCBI y de registros vistos y una interfaz totalmente renovada.

Nueva interfaz Pubmed.png

De 2010 a 2011, el PubMed rediseñó la página de búsqueda avanzada, una nueva página de límites, los términos de búsqueda fueron modificados para mostrase automáticamente en negrita , se añadió la opción de CSV dentro de enviar a archivo y los resúmenes estructurados y las imágenes se incorporaron a la pantalla de resumen.

Busqueda avanzada PubMed.png

PubMed Mobile se puso en marcha y base de datos MeSH y la página de Clinical Queries se rediseñaron para proporcionar la misma interfaz optimizada publicada anteriormente en PubMed.

Clinical Queries.png

En 2012 se incluye la gráfica de los resultados por año y la visualización de las imágenes de PubMed Central. La página de “Limits” se sustituye por una barra lateral izquierda de filtros.  El menú “Send to” incluyó una nueva opción de exportación a un gestor de referencias.

Filtros.png

En 2013 a 2014, se han añadido al “Abstract” las palabras clave de autor y los iconos de redes sociales y PubMed comenzó a aceptar y mostrar resúmenes en lengua no inglesa. Una nueva opción de ordenar por relevancia y descargar el historial de búsqueda se añadió a la página de búsqueda avanzada. PubMed Commons fue lanzado como una manera para que los autores compartan opiniones e información sobre publicaciones en PubMed.

Esto son las principales mejorar incorporadas a PubMed en los últimos 20 años, muchas de ellas anunciadas en biblioGETAFE, pero ya se están anunciando nuevas modificaciones para un futuro próximo. La verdad es que algunos de los cambios no siempre fueron bien recibidos pero, pasado el tiempo, podemos afirmar que las mejoras son innegables haciendo de PubMed el motor de búsqueda más utilizado para buscar en la base de datos MEDLINE.

Más información aquí.

 

 

Qué es mapeo automático de términos o “Automatic Term mapping” de PubMed

Cuando escribimos nuestra estrategia en la ventana inicial de PubMed el sistema recuperará los registros en los que encuentre correspondencia con los términos buscados en un proceso denominado mapeo automático de términos (“Automatic Term Mapping” o ATM).

PubMed de manera automática comprueba lo que hemos escrito frente a varios índices en el orden siguiente:

  • Temas (MeSH)
  • Revistas
  • Autores

El primer índice se denomina “MeSH Translation Table“ que incluye los encabezamientos MeSH, Subencabezamientos, Tipos de Publicación, Entry Term (conocidos como sinónimos), los Supplementary Concepts y sinónimos de los Supplementary Concepts.

Si encuentra una correspondencia en este índice “MeSH Translation table” el proceso se detiene y el término es mapeado al término MeSH correspondiente. La busqueda incluirá el MeSH, a lo que se añade la búsqueda de la frase cortada en palabras individuales que es buscada en todos los campos (All Fields). La búsqueda del MeSH incluye los términos jerárquicamente por debajo de él, es decir, hace la denominada búsqueda ampliada o “automatic explosion”.

Si, por ejemplo, escribimos Cancer, PubMed rastrea automáticamente el  término “cancer” y selecciona el término MeSH más apropiado, en este caso  “Neoplasms” y efectúa la búsqueda por él.  Además, PubMed busca el término MeSH “neoplasms” en todos los campos “All Fields”. Por último, PubMed busca el término “cancer”  en todos los campos “All Fields”. De tal forma que la estrategia sería:

“neoplasms”[MeSH Terms] OR “neoplasms”[All Fields] OR “cancer”[All Fields]

Solo hay una excepción, cuando el Supplementary Concepts (sustancias) o encabezamiento MeSH incluye un número o único caracter (e.j., protein c) no es dividido en palabras individuales y es buscado solo como frase en todos los campos (All Fields).

Si los términos son mapeados en la tabla MeSH, el proceso se detiene. Si algún término no es localizado en esta tabla, PubMed pasa a mapear por revistas buscando en la “Journals Translation Table” que incluye el nombre completo de la revista, abreviatura y número ISSN.

Si es encontrada una revista, esta es añadida a la búsqueda. El término también es buscado en todos los campos (All Fields) y el proceso se detiene aquí.

Si, por ejemplo, escribimos en la ventana de búsqueda Oncology reports, PubMed realiza el mapeo y la estrategia aplicada sería la siguiente:

“Oncol Rep”[Journal] OR (“oncology”[All Fields] AND “reports”[All Fields]) OR “oncology reports”[All Fields]

Si no encuentra correspondencia en “MeSH Translation table” ni en “Journals Translation Table” PubMed comprueba los nombres de autor. Si lo encuentra el proceso se detiene aquí.

Si no encuentra correspondencia, PubMed divide la frase en partes y repite el proceso de mapeo automático del término hasta que encuentra una correspondencia. Los términos que no encuentra correspondencia se buscarán en todos los campos (“All Fields”).

Hay que tener en cuenta que podemos evitar y no aplicará el mapeo automático del término:

  • Escribiendo la frase entrecomillada. P. ej.: “kidney allograft”
  • P. ej.: kidney allograft*
  • Cuando buscamos con etiquetas de campo. P. ej.: Cancer[ti]
  • Cuando buscamos desde el “Single citation matcher”.
  • Cuando usamos la búsqueda avanzada.

Pasos para la búsqueda de información en una revisión sistemática (parte II)

En la primera parte vimos cuales los primeros pasos para la búsqueda de información en una revisión sistemática:

  • Si esta es la primera vez que hacemos una revisión sistemática podemos comenzar leyendo el Manual Cochrane de Revisiones Sistemáticas(Parte 2, Capítulo 6).
  • Comprobar si ya existe una revisión anterior o si está en curso.
  • Incorporar a un bibliotecario en el equipo.
  • Confeccionar un protocolo y registrarlo.

Una vez realizados estos preliminares toca el turno de la búsqueda bibliográfica. Lo primero sería hacer una búsqueda preliminar (conocida como scoping search ). Esta primera búsqueda nos ayudará a preparar el proyecto general, entender las preguntas clave, identificar las revisiones sistemáticas existentes, identificar el primer conjunto de estudios primarios potencialmente relevantes y estimar los recursos que van a ser necesarios para realizar la revisión sistemática.

Por lo general, esta búsqueda preliminar se centra en buscar sistemáticamente en fuentes de información preseleccionadas (p. ej.: en Medline con el filtro correspondiente, Cochrane Library, CRD Database, NICE, AHRQ,…) revisiones sistemáticas del tema. Otra posibilidad para esta búsqueda preliminar es aplicar otras técnicas de búsqueda como “snowballing” y “Similar Articles” en PubMed partiendo de un artículo relevante conocido por el equipo. Hay incluso quien recomienda el uso de twitter en esta fase de pre-búsqueda (https://twitter.com/giustini/status/735978949969223680).

En mi experiencia es importante hacer esta primera búsqueda y enviarla al equipo de la revisión para poder recibir su feedback. Además, sirve al bibliotecario para enfocar la búsqueda definitiva generando una lista de términos tras el análisis de los artículos relevantes localizados para su posterior utilización en la estrategia de búsqueda en MEDLINE y en el resto de recursos. Una herramienta muy útil para esto es el Yale MeSH Analizer.

Antes de desarrollar la estrategia de búsqueda debemos partir de una pregunta claramente formulada siguiendo el esquema PICOS (Patient or population / Intervention / Comparison / Outcome / Study design). Los conceptos más importantes serán incluidos en la estrategia de búsqueda. No debemos incluir demasiados conceptos y, en general, la estrategia debe incluir la población, intervención y tipos de diseño de estudio. El resultado o outcome no suele incluirse en la búsqueda. Para desarrollar la estrategia de búsqueda tenemos que utilizar MeSH combinado con texto libre con el operador OR. En esta fase de la búsqueda es importante separar en diferentes líneas la búsqueda con MeSH de la del texto libre. De esta forma evitaremos errores y no nos perderemos entre tantos términos. Para localizar tipos de estudio se debe emplear los filtros de estudio existentes validados y que ya he comentado en biblioGETAFE.

El paso siguiente será la selección de las fuentes de información. La producción de una revisión sistemática requiere la búsqueda sistemática en varias bases de datos bibliográficas. La búsqueda en MEDLINE es insuficiente aunque no existe evidencia de la cantidad de bases de datos en las que se debe buscar. El manual Cochrane menciona MEDLINE, EMBASE y CENTRAL como las tres bases de datos más importantes para estudios primarios.

Los principales recursos de ciencias de la salud son: MEDLINEEmbase / Cochrane Collaboration / CENTRAL / EconLit / Dare / CINAHL / LILACS / IMEMR / Global Health Library /POPLINE / PsycInfo / ERIC / AMED / HEED / Campbell Collaboration / Proquest Central / Scopus / Web of Science /Health Services  Research, …

Si el tema de interés consiste en medicamentos o dispositivos, debemos ponernos en contacto con el laboratorio o el fabricante para localizar estudios no publicados disponibles en sus bases de datos. Para los medicamentos disponemos también de: Drug Information Portal, ChemID Plus, ChemSpiderTOXNET,  DynaMed Plus, Micromedex, AHFS Drug Information, BMJ Best Practice, NICE (UK), SIGN (UK), National Guideline Clearinghouse (USA) (Oday R, Snowden L; Where to find information about drugs;Aust Prescr 2016;39:88-95).

Dependiendo del objetivo de nuestra revisión, bases de datos regionales como MEDES o de temas específicos pueden ser relevantes. Además de las fuentes de ciencias de la salud, algunas revisiones sistemáticas pueden requerir el uso de recursos no sanitarios. Decidir cuáles elegir va a depender tanto del tema de nuestra revisión como de la disponibilidad, coste, …

Cómo estar actualizados de las novedades de la National Library of Medicine

Las bases de datos como PubMed/MEDLINE y otros recursos de la National Library of Medicine son herramientas de uso diario para los especialistas en información de ciencias de la salud por lo que es fundamental mantenernos al día de las últimas novedades y más teniendo en cuenta que están en continuo cambio.

La NLM incorporó desde un principio todas las herramientas que nos ofrecen estas redes sociales, blogs, listas,… para informar, difundir contenidos y estar en contacto con todos sus usuarios. Es posible conectarse via Facebook, Twitter, Pinteres, suscribirse a canales de YouTube y Slideshare, suscribirse vía RSS a noticias, podscats y webcats, y a listas de distribución a través de correo-e. Aquí tenéis la lista completa para conectaros a la NLM y la página oficial de RSS Feeds.

Personalmente os recomiendo la suscripción al NLM Technical Bulletin pues es la fuente para la información más reciente.

NLM Technical Bulletin

La participación de los bibliotecarios mejora de la calidad de los artículos de revisión

Acaba de publicar la revista JAMA (Rethlefsen ML, Murad MH, Livingston EH. Engaging medical librarians to improve the quality of review articles. JAMA. 2014 Sep 10;312(10):999-1000. doi: 10.1001/jama.2014.9263. PubMed PMID: 25203078.) un interesante artículo en el que recomienda la colaboración de los bibliotecarios médicos en los artículos de revisión.

Esta colaboración queda reflejada en el siguiente cuadro:

Participacion bibliotecario en revisiones

Además, recomienda que cuando se está preparando un manuscrito para su publicación, el bibliotecario debe escribir la metodología y los resultados de la búsqueda. La información básica relativa a la metodología de búsqueda debe incluirse en el manuscrito principal, mientras que la estrategia de búsqueda completa debe estar en un documento complementario. El manuscrito principal debe incluir las bases de datos y plataformas utilizados, la cobertura temporal de la búsqueda, la fecha en que la búsqueda se realizó en primer lugar, los límites o filtros de búsqueda utilizados en la estrategia de búsqueda, los métodos de actualización y las fechas realizadas asó como los calificadores del buscador. También debe indicarse si la estrategia ha tenido peer-review por otro bibliotecario. Así mismo se debe especificar si no se utilizaron límites de búsqueda.

Los bibliotecarios que ayudan en el proceso de revisión deben redactar la parte de la sección de resultados de un manuscrito que se refiere a los resultados de búsqueda. Los resultados deben incluir el número total de documentos que se encuentran antes y después de la eliminación de duplicados y el número de materiales eliminados en cada etapa del proceso de revisión. Deben incluirse diagramas de flujo que representen los materiales encontrados, incluidos o excluidos en el manuscrito.

El artículo concluye afirmando que los bibliotecarios médicos juegan un papel central en la asistencia a los médicos para acceder a la literatura médica necesaria para proporcionar cuidados a los pacientes. También pueden desempeñar un papel importante en el desarrollo de la redacción de alta calidad y revisiones sistemáticas, la construcción de estrategias de búsqueda, gestión de referencias, la revisión de las referencias para la inclusión, la documentación de la metodología de búsqueda y la contribución a la redacción del manuscrito final. Tener un bibliotecario médico estrechamente implicado asegura que la revisión sea exhaustiva y su metodología reproducible. Los bibliotecarios médicos aportarán su experiencia al proceso de revisión basado en su comprensión de la literatura médica, los métodos de búsqueda y las directrices y los criterios de revisión. Su neutralidad y experiencia pueden ayudar a minimizar el sesgo en el proceso de revisión, lo que lleva a artículos de revisión más robustos e imparciales.