¿Sabes que en PubMed se indizan revistas fraudulentas?

La National Library of Medicine produce la base de datos MEDLINE y el repositorio de revistas a texto completo PMC (PubMed Central). Desde 1997 el motor de búsqueda PubMed nos permite buscar en MEDLINE de forma gratuita. En la entrada anterior ¿Pero no es lo mismo PubMed que MEDLINE? explicada las diferencias existentes entre ambas y que PubMed no solo es MEDLINE aunque su mayor componente sea este. En el siguiente diagrama de Venn publicado por Andrea Manca y cols. (Manca A, Moher D, Cugusi L, Dvir Z, Deriu F. How predatory journals leak into PubMed. CMAJ. 2018 Sep 4;190(35):E1042-E1045. doi: 10.1503/cmaj.180154. PubMed PMID: 30181150; PubMed Central PMCID: PMC6148641.) podemos ver la diferencia de contenido cuantificada y representada su solapamiento.

PUBMED PMC MEDLINE solapamiento

En este artículo se indican las diferentes políticas de selección de revistas para su inclusión en PMC y MEDLINE que provoca la entrada “por la puerta de atrás” de artículos procedente de revistas fraudulentas a PubMed. A diferencia de la política de selección de revistas en MEDLINE, que es muy estricta, PubMed Central tiene un criterio más relajado y flexible.

Previamente a que una revista se incluya en PMC esta ha de cumplir los siguientes requisitos:

  1. Tener un ISSN debidamente registrado.
  2. Ha de estar dentro del ámbito de PMC, como se describe en la sección “PMC Scope“.
  3. Proporcionar a NLM acceso inmediato al contenido.
  4. Debe de estarse editando al menos 2 años y con un mínimo de 25 artículos (por ejemplo, investigación original o artículos de revisión, informes de casos clínicos) revisados por pares.  en forma final antes de presentar la solicitud.

Después hay un procedimiento de 6 pasos que incluye:

  1. Presentación de la solicitud;
  2. Evaluación inicial de la solicitud donde la NLM comprueba que la revista cumple con los requisitos de solicitud previa mencionados;
  3. Revisión de la calidad científica de la revista;
  4. Evaluación técnica donde el editor envía un conjunto representativo de archivos de muestra, que se evalúan para garantizar que los datos de la revista cumplen con los estándares técnicos de calidad de PMC;
  5. Postproducción, una vez completada la fase de evaluación de datos.
  6. Lanzamiento donde la NLM refrenda el “Participation Agreements and Options” del editor y publica la revista en el sitio público de PMC con la aprobación del editor.La participación continua en PMC requiere que una revista y el editor de la revista sigan cumpliendo con los estándares de calidad de NLM para PMC y la colección de NLM a lo largo del tiempo.

En la página “How to participate in PMC” tenéis descrito todo el proceso de forma detallada.

Sin embargo, Andrea Manca y cols. argumentan que la aplicación de estos requisitos no siempre es uniforme y algunas de las revistas que se indizan en PMC tienen menos de 2 años de antigüedad y menos de 25 artículos (a menudo menos de 10). Para conseguirlo la revista ha de demostrar que al menos cuenta con un autor acreditado en su consejo editorial. Por este motivo, las revistas depredadoras a menudo utilizan la identidad de investigadores acreditados que no saben que se les incluye en el consejo editorial de estas revistas. También, esto explica el número masivo de correos electrónicos spam diarios que reciben muchos investigadores con invitaciones para unirse a un comité editorial de una revista.

Para evitar que revistas fraudulentas o depredadoras se incluyan en PubMed los autores proponen que la National Library of Medicine eleve el nivel para la inclusión de revistas en PubMed y PubMed Central y exigir que todos las revistas candidatas cumplan con los exigentes requisitos de MEDLINE.

 

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¿Qué es el nuevo algoritmo Best Match de PubMed?

Best Match es un nuevo algoritmo de búsqueda por relevancia para PubMed implantado en julio de 2017 que aprovecha la inteligencia de los usuarios y la tecnología de aprendizaje automático como una alternativa al orden por fecha que tradicionalmente nos ofrecía PubMed.

pm_best_match_fig1.png

Hasta hace poco de forma predeterminada los resultados se mostraban en orden cronológico inverso. Es decir, los artículos recién publicados primero. Si bien este orden de clasificación es deseable para buscar la información más reciente sobre un tema determinado o para un autor individual, puede no ser adecuado para otros tipos de búsquedas. Esto se agrava pues, como ocurre cuando buscamos en Google, más del 80% de los clics de los usuarios en los resultados de búsqueda ocurren en la primera página. Por lo tanto, para la mayoría de las consultas de PubMed con más de 20 resultados, los usuarios pueden fácilmente pasar por alto los documentos más útiles de la segunda o posteriores páginas.

Best Match se basa en un algoritmo de frecuencia de término ponderado. Incorpora el aprendizaje automático para volver a clasificar los principales artículos devueltos para una mayor relevancia. El algoritmo Best Match se construye con búsquedas pasadas de usuarios y con más de 150 señales de clasificación de relevancia (factores). La mayoría de estas señales se calculan a partir del número de coincidencias entre los términos de búsqueda y el registro de PubMed, mientras que otras son específicas de un registro (por ejemplo, tipo de publicación, año de publicación) o específicas de una búsqueda (por ejemplo, longitud de búsqueda).  journal.pbio.2005343.g002

Dado que generalmente los usuarios que ordenan por este nuevo algoritmo hacen clic en las citas de la primera página PubMed limita la lista de resultados a 10.000 referencias.

Si deseamos utilizar Best Match como nuestro orden predeterminado para los resultados de PubMed podemos cambiar las preferencias de nuestra cuenta de My NCBI .

Si quieres comprender mejor este nuevo algoritmo de PubMed no dejes de leer el artículo siguiente:

Fiorini N, Canese K, Starchenko G, Kireev E, Kim W, Miller V, Osipov M, Kholodov M, Ismagilov R, Mohan S, Ostell J, Lu Z. Best Match: New relevance search for PubMed. PLoS Biol. 2018 Aug 28;16(8):e2005343. doi: 10.1371/journal.pbio.2005343. eCollection 2018 Aug. PubMed PMID: 30153250.

También tienes más información aquí.

Herramientas para las búsquedas en revisiones sistemáticas: Conversores de estrategias de búsqueda

Cuando hacemos una búsqueda exhaustiva y sistemática de bibliográfica para un documento de síntesis de evidencia como una revisión sistemática, necesitamos buscar en más de una base de datos. En estos casos las estrategias de búsqueda son complejas e implican texto libre, términos de vocabulario controlado, comodines o sintaxis de adyacencia, por lo que la conversión no es un proceso sencillo. Además, las diferentes interfaces y motores de búsqueda tienen diferentes funciones disponibles e interpretan la lógica del usuario de formas distintas. Por ejemplo, la interfaz de PubMed hace la búsqueda ampliada o “explode” de los encabezados de materias MeSH de manera automática mientras que la interfaz de Ovid no lo hace. También los tesauros de encabezamientos de materias son distintos o incluso inexistentes como en la WOS (Más información aquí).

Por ello son útiles las herramientas que nos ayuda a “traducir” nuestra estrategia a diferentes bases de datos. Si bien no son perfectas, nos ayudan en un primer paso con la sintaxis de búsqueda. Entre los que utilizo destaco los dos siguientes:

MEDLINE Transpose
Este proyecto es una colaboración entre el College of Physicians and Surgeons of British Columbia (CPSBC)y la Collaboration for Leadership in Applied Health Research and Care South West Peninsula (PenCLAHRC).

Ha sido desarrollado para mitigar un problema de convertir la sintaxis de búsqueda entre las interfaces de PubMed y Ovid/MEDLINE.  Más información aquí.

Polyglot Search

En esta escribimos nuestra estrategia de búsqueda compleja en formato PubMed u Ovid MEDLINE y Polyglot Search intenta traducirla a cualquiera de los formatos admitidos del motor de búsqueda: EMBASE, WOS, CINAHL, SCOPUS, Cochrane,…
Systematic Review Accelerator.jpgEste módulo es parte del paquete de herramientas del Asistente de Revisión Sistemática gratuito del Bond University Centre for Research in Evidence-Based Practice. Polyglot Search Syntax Translator forma parte del Systematic Review Accelerator. Más información aquí.

¿Y tú, conoces algún conversor más?

Filtro de búsqueda de artículos de experimentación en animales

Para buscar los estudios en animales mientras se hace una revisión sistemática, las diferentes bases de datos requieren diferentes estrategias de búsqueda. A continuación se muestran estas estrategias según la base de datos utilizada.

Filtro para PubMed:

(“animal experimentation”[MeSH Terms] OR “models, animal”[MeSH Terms] OR “invertebrates”[MeSH Terms] OR “Animals”[Mesh:noexp] OR “animal population groups”[MeSH Terms] OR “chordata”[MeSH Terms:noexp] OR “chordata, nonvertebrate”[MeSH Terms] OR “vertebrates”[MeSH Terms:noexp] OR “amphibians”[MeSH Terms] OR “birds”[MeSH Terms] OR “fishes”[MeSH Terms] OR “reptiles”[MeSH Terms] OR “mammals”[MeSH Terms:noexp] OR “primates”[MeSH Terms:noexp] OR “artiodactyla”[MeSH Terms] OR “carnivora”[MeSH Terms] OR “cetacea”[MeSH Terms] OR “chiroptera”[MeSH Terms] OR “elephants”[MeSH Terms] OR “hyraxes”[MeSH Terms] OR “insectivora”[MeSH Terms] OR “lagomorpha”[MeSH Terms] OR “marsupialia”[MeSH Terms] OR “monotremata”[MeSH Terms] OR “perissodactyla”[MeSH Terms] OR “rodentia”[MeSH Terms] OR “scandentia”[MeSH Terms] OR “sirenia”[MeSH Terms] OR “xenarthra”[MeSH Terms] OR “haplorhini”[MeSH Terms:noexp] OR “strepsirhini”[MeSH Terms] OR “platyrrhini”[MeSH Terms] OR “tarsii”[MeSH Terms] OR “catarrhini”[MeSH Terms:noexp] OR “cercopithecidae”[MeSH Terms] OR “hylobatidae”[MeSH Terms] OR “hominidae”[MeSH Terms:noexp] OR “gorilla gorilla”[MeSH Terms] OR “pan paniscus”[MeSH Terms] OR “pan troglodytes”[MeSH Terms] OR “pongo pygmaeus”[MeSH Terms]) OR ((animals[tiab] OR animal[tiab] OR mice[Tiab] OR mus[Tiab] OR mouse[Tiab] OR murine[Tiab] OR woodmouse[tiab] OR rats[Tiab] OR rat[Tiab] OR murinae[Tiab] OR muridae[Tiab] OR cottonrat[tiab] OR cottonrats[tiab] OR hamster[tiab] OR hamsters[tiab] OR cricetinae[tiab] OR rodentia[Tiab] OR rodent[Tiab] OR rodents[Tiab] OR pigs[Tiab] OR pig[Tiab] OR swine[tiab] OR swines[tiab] OR piglets[tiab] OR piglet[tiab] OR boar[tiab] OR boars[tiab] OR “sus scrofa”[tiab] OR ferrets[tiab] OR ferret[tiab] OR polecat[tiab] OR polecats[tiab] OR “mustela putorius”[tiab] OR “guinea pigs”[Tiab] OR “guinea pig”[Tiab] OR cavia[Tiab] OR callithrix[Tiab] OR marmoset[Tiab] OR marmosets[Tiab] OR cebuella[Tiab] OR hapale[Tiab] OR octodon[Tiab] OR chinchilla[Tiab] OR chinchillas[Tiab] OR gerbillinae[Tiab] OR gerbil[Tiab] OR gerbils[Tiab] OR jird[Tiab] OR jirds[Tiab] OR merione[Tiab] OR meriones[Tiab] OR rabbits[Tiab] OR rabbit[Tiab] OR hares[Tiab] OR hare[Tiab] OR diptera[Tiab] OR flies[Tiab] OR fly[Tiab] OR dipteral[Tiab] OR drosphila[Tiab] OR drosophilidae[Tiab] OR cats[Tiab] OR cat[Tiab] OR carus[Tiab] OR felis[Tiab] OR nematoda[Tiab] OR nematode[Tiab] OR nematoda[Tiab] OR nematode[Tiab] OR nematodes[Tiab] OR sipunculida[Tiab] OR dogs[Tiab] OR dog[Tiab] OR canine[Tiab] OR canines[Tiab] OR canis[Tiab] OR sheep[Tiab] OR sheeps[Tiab] OR mouflon[Tiab] OR mouflons[Tiab] OR ovis[Tiab] OR goats[Tiab] OR goat[Tiab] OR capra[Tiab] OR capras[Tiab] OR rupicapra[Tiab] OR chamois[Tiab] OR haplorhini[Tiab] OR monkey[Tiab] OR monkeys[Tiab] OR anthropoidea[Tiab] OR anthropoids[Tiab] OR saguinus[Tiab] OR tamarin[Tiab] OR tamarins[Tiab] OR leontopithecus[Tiab] OR hominidae[Tiab] OR ape[Tiab] OR apes[Tiab] OR pan[Tiab] OR paniscus[Tiab] OR “pan paniscus”[Tiab] OR bonobo[Tiab] OR bonobos[Tiab] OR troglodytes[Tiab] OR “pan troglodytes”[Tiab] OR gibbon[Tiab] OR gibbons[Tiab] OR siamang[Tiab] OR siamangs[Tiab] OR nomascus[Tiab] OR symphalangus[Tiab] OR chimpanzee[Tiab] OR chimpanzees[Tiab] OR prosimians[Tiab] OR “bush baby”[Tiab] OR prosimian[Tiab] OR bush babies[Tiab] OR galagos[Tiab] OR galago[Tiab] OR pongidae[Tiab] OR gorilla[Tiab] OR gorillas[Tiab] OR pongo[Tiab] OR pygmaeus[Tiab] OR “pongo pygmaeus”[Tiab] OR orangutans[Tiab] OR pygmaeus[Tiab] OR lemur[Tiab] OR lemurs[Tiab] OR lemuridae[Tiab] OR horse[Tiab] OR horses[Tiab] OR pongo[Tiab] OR equus[Tiab] OR cow[Tiab] OR calf[Tiab] OR bull[Tiab] OR chicken[Tiab] OR chickens[Tiab] OR gallus[Tiab] OR quail[Tiab] OR bird[Tiab] OR birds[Tiab] OR quails[Tiab] OR poultry[Tiab] OR poultries[Tiab] OR fowl[Tiab] OR fowls[Tiab] OR reptile[Tiab] OR reptilia[Tiab] OR reptiles[Tiab] OR snakes[Tiab] OR snake[Tiab] OR lizard[Tiab] OR lizards[Tiab] OR alligator[Tiab] OR alligators[Tiab] OR crocodile[Tiab] OR 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OR wolverines[Tiab] OR minks[Tiab] OR mustela[Tiab] OR llama[Tiab] OR llamas[Tiab] OR alpaca[Tiab] OR alpacas[Tiab] OR camelid[Tiab] OR camelids[Tiab] OR guanaco[Tiab] OR guanacos[Tiab] OR chiroptera[Tiab] OR chiropteras[Tiab] OR bat[Tiab] OR bats[Tiab] OR fox[Tiab] OR foxes[Tiab] OR iguana[Tiab] OR iguanas[Tiab] OR xenopus laevis[Tiab] OR parakeet[Tiab] OR parakeets[Tiab] OR parrot[Tiab] OR parrots[Tiab] OR donkey[Tiab] OR donkeys[Tiab] OR mule[Tiab] OR mules[Tiab] OR zebra[Tiab] OR zebras[Tiab] OR shrew[Tiab] OR shrews[Tiab] OR bison[Tiab] OR bisons[Tiab] OR buffalo[Tiab] OR buffaloes[Tiab] OR deer[Tiab] OR deers[Tiab] OR bear[Tiab] OR bears[Tiab] OR panda[Tiab] OR pandas[Tiab] OR “wild hog”[Tiab] OR “wild boar”[Tiab] OR fitchew[Tiab] OR fitch[Tiab] OR beaver[Tiab] OR beavers[Tiab] OR jerboa[Tiab] OR jerboas[Tiab] OR capybara[Tiab] OR capybaras[Tiab]) NOT medline[subset])

Referencias:

Hooijmans CR1, Tillema A, Leenaars M, Ritskes-Hoitinga M. Enhancing search efficiency by means of a search filter for finding all studies on animal experimentation in PubMed. Lab Anim. 2010 Jul;44(3):170-5. doi: 10.1258/la.2010.009117. Epub 2010 Jun 15.

Filtro para EMBASE.com:

exp animal experiment/ or exp animal model/ or exp experimental animal/ or exp transgenic animal/ or exp male animal/ or exp female animal/ or exp juvenile animal/ OR animal/ OR chordata/ OR vertebrate/ OR tetrapod/ OR exp fish/ OR amniote/ OR exp amphibia/ OR mammal/ OR exp reptile/ OR exp sauropsid/ OR therian/OR exp monotremate/ OR placental mammals/ OR exp marsupial/ OR Euarchontoglires/ OR exp Afrotheria/ OR exp Boreoeutheria/ OR exp Laurasiatheria/ OR exp Xenarthra/ OR primate/ OR exp Dermoptera/ OR exp Glires/ OR exp Scandentia/ OR Haplorhini/ OR exp prosimian/ OR simian/ OR exp tarsiiform/ OR Catarrhini/ OR exp Platyrrhini/ OR ape/ OR exp Cercopithecidae/ OR hominid/ OR exp hylobatidae/ OR exp chimpanzee/ OR exp gorilla/ OR exp orang utan/ OR (animal OR animals OR pisces OR fish OR fishes OR catfish OR catfishes OR sheatfish OR silurus OR arius OR heteropneustes OR clarias OR gariepinus OR fathead minnow OR fathead minnows OR pimephales OR promelas OR cichlidae OR trout OR trouts OR char OR chars OR salvelinus OR salmo OR oncorhynchus OR guppy OR guppies OR millionfish OR poecilia OR goldfish OR goldfishes OR carassius OR auratus OR mullet OR mullets OR mugil OR curema OR shark OR sharks OR cod OR cods OR gadus OR morhua OR carp OR carps OR cyprinus OR carpio OR killifish OR eel OR eels OR anguilla OR zander OR sander OR lucioperca OR stizostedion OR turbot OR turbots OR psetta OR flatfish OR flatfishes OR plaice OR pleuronectes OR platessa OR tilapia OR tilapias OR oreochromis OR sarotherodon OR common sole OR dover sole OR solea OR zebrafish OR zebrafishes OR danio OR rerio OR seabass OR dicentrarchus OR labrax OR morone OR lamprey OR lampreys OR petromyzon OR pumpkinseed OR pumpkinseeds OR lepomis OR gibbosus OR herring OR clupea OR harengus OR amphibia OR amphibian OR amphibians OR anura OR salientia OR frog OR frogs OR rana OR toad OR toads OR bufo OR xenopus OR laevis OR bombina OR epidalea OR calamita OR salamander OR salamanders OR newt OR newts OR triturus OR reptilia OR reptile OR reptiles OR bearded dragon OR pogona OR vitticeps OR iguana OR iguanas OR lizard OR lizards OR anguis fragilis OR turtle OR turtles OR snakes OR snake OR aves OR bird OR birds OR quail OR quails OR coturnix OR bobwhite OR colinus OR virginianus OR poultry OR poultries OR fowl OR fowls OR chicken OR chickens OR gallus OR zebra finch OR taeniopygia OR guttata OR canary OR canaries OR serinus OR canaria OR parakeet OR parakeets OR grasskeet OR parrot OR parrots OR psittacine OR psittacines OR shelduck OR tadorna OR goose OR geese OR branta OR leucopsis OR woodlark OR lullula OR flycatcher OR ficedula OR hypoleuca OR dove OR doves OR geopelia OR cuneata OR duck OR ducks OR greylag OR graylag OR anser OR harrier OR circus pygargus OR red knot OR great knot OR calidris OR canutus OR godwit OR limosa OR lapponica OR meleagris OR gallopavo OR jackdaw OR corvus OR monedula OR ruff OR philomachus OR pugnax OR lapwing OR peewit OR plover OR vanellus OR swan OR cygnus OR columbianus OR bewickii OR gull OR chroicocephalus OR ridibundus OR albifrons OR great tit OR parus OR aythya OR fuligula OR streptopelia OR risoria OR spoonbill OR platalea OR leucorodia OR blackbird OR turdus OR merula OR blue tit OR cyanistes OR pigeon OR pigeons OR columba OR pintail OR anas OR starling OR sturnus OR owl OR athene noctua OR pochard OR ferina OR cockatiel OR nymphicus OR hollandicus OR skylark OR alauda OR tern OR sterna OR teal OR crecca OR oystercatcher OR haematopus OR ostralegus OR shrew OR shrews OR sorex OR araneus OR crocidura OR russula OR european mole OR talpa OR chiroptera OR bat OR bats OR eptesicus OR serotinus OR myotis OR dasycneme OR daubentonii OR pipistrelle OR pipistrellus OR cat OR cats OR felis OR catus OR feline OR dog OR dogs OR canis OR canine OR canines OR otter OR otters OR lutra OR badger OR badgers OR meles OR fitchew OR fitch OR foumart or foulmart OR ferrets OR ferret OR polecat OR polecats OR mustela OR putorius OR weasel OR weasels OR fox OR foxes OR vulpes OR common seal OR phoca OR vitulina OR grey seal OR halichoerus OR horse OR horses OR equus OR equine OR equidae OR donkey OR donkeys OR mule OR mules OR pig OR pigs OR swine OR swines OR hog OR hogs OR boar OR boars OR porcine OR piglet OR piglets OR sus OR scrofa OR llama OR llamas OR lama OR glama OR deer OR deers OR cervus OR elaphus OR cow OR cows OR bos taurus OR bos indicus OR bovine OR bull OR bulls OR cattle OR bison OR bisons OR sheep OR sheeps OR ovis aries OR ovine OR lamb OR lambs OR mouflon OR mouflons OR goat OR goats OR capra OR caprine OR chamois OR rupicapra OR leporidae OR lagomorpha OR lagomorph OR rabbit OR rabbits OR oryctolagus OR cuniculus OR laprine OR hares OR lepus OR rodentia OR rodent OR rodents OR murinae OR mouse OR mice OR mus OR musculus OR murine OR woodmouse OR apodemus OR rat OR rats OR rattus OR norvegicus OR guinea pig OR guinea pigs OR cavia OR porcellus OR hamster OR hamsters OR mesocricetus OR cricetulus OR cricetus OR gerbil OR gerbils OR jird OR jirds OR meriones OR unguiculatus OR jerboa OR jerboas OR jaculus OR chinchilla OR chinchillas OR beaver OR beavers OR castor fiber OR castor canadensis OR sciuridae OR squirrel OR squirrels OR sciurus OR chipmunk OR chipmunks OR marmot OR marmots OR marmota OR suslik OR susliks OR spermophilus OR cynomys OR cottonrat OR cottonrats OR sigmodon OR vole OR voles OR microtus OR myodes OR glareolus OR primate OR primates OR prosimian OR prosimians OR lemur OR lemurs OR lemuridae OR loris OR bush baby OR bush babies OR bushbaby OR bushbabies OR galago OR galagos OR anthropoidea OR anthropoids OR simian OR simians OR monkey OR monkeys OR marmoset OR marmosets OR callithrix OR cebuella OR tamarin OR tamarins OR saguinus OR leontopithecus OR squirrel monkey OR squirrel monkeys OR saimiri OR night monkey OR night monkeys OR owl monkey OR owl monkeys OR douroucoulis OR aotus OR spider monkey OR spider monkeys OR ateles OR baboon OR baboons OR papio OR rhesus monkey OR macaque OR macaca OR mulatta OR cynomolgus OR fascicularis OR green monkey OR green monkeys OR chlorocebus OR vervet OR vervets OR pygerythrus OR hominoidea OR ape OR apes OR hylobatidae OR gibbon OR gibbons OR siamang OR siamangs OR nomascus OR symphalangus OR hominidae OR orangutan OR orangutans OR pongo OR chimpanzee OR chimpanzees OR pan troglodytes OR bonobo OR bonobos OR pan paniscus OR gorilla OR gorillas OR troglodytes).ti,ab

Referencias:

de Vries RB1, Hooijmans CR, Tillema A, Leenaars M, Ritskes-Hoitinga M. Updated version of the Embase search filter for animal studies. Lab Anim. 2014 Jan;48(1):88. doi: 10.1177/0023677213494374. Epub 2013 Jul 8.

de Vries, RB, Hooijmans, CR, Tillema, A, Leenaars, M, Ritskes-Hoitinga, M. A search filter for increasing the retrieval of animal studies in Embase. Lab Anim 2011; 45: 268270. Google Scholar, SAGE Journals,ISI. doi: 10.1258/la.2011.011056. Epub 2011 Sep 2. 

Hooijmans, CR, Tillema, A, Leenaars, M, Ritskes-Hoitinga, M. Enhancing search efficiency by means of a search filter for finding all studies on animal experimentation in PubMed. Lab Anim 2010; 44: 170175.Google Scholar, SAGE Journals,ISI

Leenaars, M, Hooijmans, CR, van Veggel, N. A step-by-step guide to systematically identify all relevant animal studies. Lab Anim 2012; 46: 2431. Google Scholar, SAGE Journals, ISI

Qué es MEDLINE

MEDLINEEn la entrada ¿Pero no es lo mismo PubMed que MEDLINE? explicaba las principales diferencias, con datos, de ambos.

Ahora, la NLM, ha publicado la actualización del MEDLINE Fact Sheet con la información básica y actualizada de esta base de datos.

En resumen nos encontramos que MEDLINE:

  • Es una base de datos bibliográfica que contiene más de 23 millones de referencias a artículos de revistas en ciencias de la vida con una concentración en la biomedicina. El resultado de una búsqueda en MEDLINE/PubMed es una lista de citas (incluyendo los autores, título, fuente, y, a menudo un resumen) a artículos de revistas y una indicación de la disponibilidad de texto completo electrónico gratuito. La búsqueda es gratis y no requiere registro.
  • Los registros se indexan con el tesauro Medical Subject Headings (MeSH ®).
  • MEDLINE es el componente principal de PubMed ®.
  • Cobertura temporal: desde 1946 (OLDMEDLINE) hasta la actualidad .
  • Fuentecitas de más de 5.600 revistas en todo el mundo en 40 idiomas. Aproximadamente el 93% está publicado en Inglés , y alrededor del 85% tienen inglés resúmenes escritos por autores de los artículos.
  • Actualizaciones: Desde junio de 2014 se añaden citas los 7 días a la semana. En 2015 se añadieron más de 806.000 referencias.
  • Cobertura temática: El ámbito objeto de MEDLINE es la biomedicina y la salud.

¡Feliz 20 aniversario PubMed! Cambios durante dos décadas

Ya han pasado 20 años desde que en enero de 1996 comenzara PubMed como una base de datos experimental en el marco del sistema de recuperación Entrez del NCBI (National Center for Biotechnology Information) con pleno acceso a MEDLINE ®. El 26 de junio de 1997, en una conferencia de Capitol Hill Press, se anunció oficialmente el acceso libre de MEDLINE a través de PubMed.

NLM Technical Bulletin Free PubMed.png

Desde entonces PubMed ha ido cambiando y mejorando continuamente, cosa que sabemos bien aquellos que utilizamos este motor de búsqueda a diario y que nos dedicamos a enseñar su funcionamiento a los usuarios de nuestras bibliotecas. Paso a resumir las mejoras más relevantes de estos últimos 20 años.

El 26 de enero de 1998 PubMed fue rediseñado con muchas mejoras útiles, incluyendo el MeSH® Browser, el Single Citation Matcher, la búsqueda ampliada automática de términos MeSH (“exploding”), el mapeo de sinónimos de Name of Substances y el botón Detalles (“Details”). Al año siguiente se incorporó la posibilidad de combinación de búsqueda por término MeSH y subencabezamiento.

PubMed fue rediseñado significativamente en 2000 integrando nuevas características tales como LinkOut, Limits, History y Clipboard. PubMed enlazó con los artículos a texto completo de PubMed Central® y se implantó la utilidad “Cubby”. En 2001 comenzó el programa LinkOut for Libraries.

Linkout for libraries.png

En 2002 el filtro de revisiones sistemáticas se añadió a la página de Clinical Queries, se crearon dos nuevas bases de datos NCBI, Journals y MeSH (MeSH Database reemplazó el MeSH Browser), para proporcionar capacidades adicionales de búsqueda de PubMed y se añadió la opción de correo electrónico para el envío de los resultados de búsqueda.

En 2005 MyNCBI sustituyó a “Cubby”, permitiendo el envío automático de resultados de búsquedas salvadas, posibilidad de crearnos filtros personalizados para la recuperación por áreas de interés, la opción de destacar los términos de búsqueda y se añadió la opción de RSS para proporcionar actualizaciones diarias. En 2006 se rediseñaron los límites  con una interfaz mejorada y opciones adicionales para limitar las búsquedas.

PubMed continuó evolucionando y, en 2007, el motor de recuperación NCBI fue completamente rediseñado. En 2008, se incluyeron una serie de herramientas tales como “also try”Collections se añadió a las herramientas de usuario My NCBI, se mejoró el mapeo automático de términos y aparece la función de búsqueda avanzada de búsqueda.

En 2009 se incluyen una herramienta de la actividad reciente que hace un seguimiento de hasta 6 meses de búsquedas de un usuario de base de datos NCBI y de registros vistos y una interfaz totalmente renovada.

Nueva interfaz Pubmed.png

De 2010 a 2011, el PubMed rediseñó la página de búsqueda avanzada, una nueva página de límites, los términos de búsqueda fueron modificados para mostrase automáticamente en negrita , se añadió la opción de CSV dentro de enviar a archivo y los resúmenes estructurados y las imágenes se incorporaron a la pantalla de resumen.

Busqueda avanzada PubMed.png

PubMed Mobile se puso en marcha y base de datos MeSH y la página de Clinical Queries se rediseñaron para proporcionar la misma interfaz optimizada publicada anteriormente en PubMed.

Clinical Queries.png

En 2012 se incluye la gráfica de los resultados por año y la visualización de las imágenes de PubMed Central. La página de “Limits” se sustituye por una barra lateral izquierda de filtros.  El menú “Send to” incluyó una nueva opción de exportación a un gestor de referencias.

Filtros.png

En 2013 a 2014, se han añadido al “Abstract” las palabras clave de autor y los iconos de redes sociales y PubMed comenzó a aceptar y mostrar resúmenes en lengua no inglesa. Una nueva opción de ordenar por relevancia y descargar el historial de búsqueda se añadió a la página de búsqueda avanzada. PubMed Commons fue lanzado como una manera para que los autores compartan opiniones e información sobre publicaciones en PubMed.

Esto son las principales mejorar incorporadas a PubMed en los últimos 20 años, muchas de ellas anunciadas en biblioGETAFE, pero ya se están anunciando nuevas modificaciones para un futuro próximo. La verdad es que algunos de los cambios no siempre fueron bien recibidos pero, pasado el tiempo, podemos afirmar que las mejoras son innegables haciendo de PubMed el motor de búsqueda más utilizado para buscar en la base de datos MEDLINE.

Más información aquí.

 

 

Qué es mapeo automático de términos o “Automatic Term mapping” de PubMed

Cuando escribimos nuestra estrategia en la ventana inicial de PubMed el sistema recuperará los registros en los que encuentre correspondencia con los términos buscados en un proceso denominado mapeo automático de términos (“Automatic Term Mapping” o ATM).

PubMed de manera automática comprueba lo que hemos escrito frente a varios índices en el orden siguiente:

  • Temas (MeSH)
  • Revistas
  • Autores

El primer índice se denomina “MeSH Translation Table“ que incluye los encabezamientos MeSH, Subencabezamientos, Tipos de Publicación, Entry Term (conocidos como sinónimos), los Supplementary Concepts y sinónimos de los Supplementary Concepts.

Si encuentra una correspondencia en este índice “MeSH Translation table” el proceso se detiene y el término es mapeado al término MeSH correspondiente. La busqueda incluirá el MeSH, a lo que se añade la búsqueda de la frase cortada en palabras individuales que es buscada en todos los campos (All Fields). La búsqueda del MeSH incluye los términos jerárquicamente por debajo de él, es decir, hace la denominada búsqueda ampliada o “automatic explosion”.

Si, por ejemplo, escribimos Cancer, PubMed rastrea automáticamente el  término “cancer” y selecciona el término MeSH más apropiado, en este caso  “Neoplasms” y efectúa la búsqueda por él.  Además, PubMed busca el término MeSH “neoplasms” en todos los campos “All Fields”. Por último, PubMed busca el término “cancer”  en todos los campos “All Fields”. De tal forma que la estrategia sería:

“neoplasms”[MeSH Terms] OR “neoplasms”[All Fields] OR “cancer”[All Fields]

Solo hay una excepción, cuando el Supplementary Concepts (sustancias) o encabezamiento MeSH incluye un número o único caracter (e.j., protein c) no es dividido en palabras individuales y es buscado solo como frase en todos los campos (All Fields).

Si los términos son mapeados en la tabla MeSH, el proceso se detiene. Si algún término no es localizado en esta tabla, PubMed pasa a mapear por revistas buscando en la “Journals Translation Table” que incluye el nombre completo de la revista, abreviatura y número ISSN.

Si es encontrada una revista, esta es añadida a la búsqueda. El término también es buscado en todos los campos (All Fields) y el proceso se detiene aquí.

Si, por ejemplo, escribimos en la ventana de búsqueda Oncology reports, PubMed realiza el mapeo y la estrategia aplicada sería la siguiente:

“Oncol Rep”[Journal] OR (“oncology”[All Fields] AND “reports”[All Fields]) OR “oncology reports”[All Fields]

Si no encuentra correspondencia en “MeSH Translation table” ni en “Journals Translation Table” PubMed comprueba los nombres de autor. Si lo encuentra el proceso se detiene aquí.

Si no encuentra correspondencia, PubMed divide la frase en partes y repite el proceso de mapeo automático del término hasta que encuentra una correspondencia. Los términos que no encuentra correspondencia se buscarán en todos los campos (“All Fields”).

Hay que tener en cuenta que podemos evitar y no aplicará el mapeo automático del término:

  • Escribiendo la frase entrecomillada. P. ej.: “kidney allograft”
  • P. ej.: kidney allograft*
  • Cuando buscamos con etiquetas de campo. P. ej.: Cancer[ti]
  • Cuando buscamos desde el “Single citation matcher”.
  • Cuando usamos la búsqueda avanzada.