Dentro del curso de «Principios básicos en investigación clínica» que ha comenzado a celebrarse hoy en el Hospital Universitario de Getafe, he impartido una clase sobre la búsqueda de información, calidad de la evidencia científica y recursos de la Biblioteca del Hospital de Getafe.
Comparto con todos mi presentación, esperando os resulte de interés.
Los tesauros son los encabezamientos de materias utilizados por algunas de las principales bases de datos bibliográficas para describir el contenido de cada artículo publicado. Tesauro es el «vocabulario controlado» (lista de términos establecido) que categorizan artículos en función de su contenido (dichos términos variarán de una base de datos a otra). P. ej.: PubMed utiliza términos del Medical Subject Headings o MeSH, que es el vocabulario controlado de MEDLINE y Embase utiliza el EMTREE.
Los tesauros tienen una estructura jerárquica. Así, los términos MeSH se clasifican dentro de 16 «árboles» principales (como anatomía, organismos, enfermedades, medicamentos y productos químicos), cada uno de los cuales se ramifica de los términos más amplios a los más específicos. Por ejemplo, al ingresar demencia, PubMed identificará términos MeSH relevantes que incluyen demencia y enfermedad de Alzheimer. Al seleccionar Demencia, verá el árbol de términos, incluidas las subcategorías enumeradas a continuación, como la enfermedad de cuerpos de Lewy, Alzheimer o demencia vascular.
Aunque la búsqueda por el MeSH siempre es más precisa, no siempre es suficiente. Así, si el objetivo de nuestra búsqueda es localizar de forma exhaustiva toda la información de un tema, deberemos combinar la búsqueda del tesauro con el lenguaje natural. En la siguiente imagen vemos algunas de las causas:
Ahora os propongo un juego para que compruebes lo que conoces del MeSH.
Identificar y seleccionar palabras clave y términos indexados apropiados es crucial para desarrollar estrategias de búsqueda sólidas para ubicar estudios para revisiones sistemáticas y de alcance.
Una herramienta de minería de texto útil es MeSH on Demand https://meshb.nlm.nih.gov/MeSHonDemand. Esta es una herramienta de software que analiza el texto y lo compara con los datos de PubMed para generar MeSH (Medical Subject Headings).
¿Qué tenemos que hacer?
Simplemente copiamos y pegamos el texto de un protocolo de revisión sistemática o una propuesta de investigación en la herramienta MeSH on Demand. Esta nos sugiere encabezados de materia MeSH y enumera 10 artículos basados en el texto ingresado.
Recomendación: Al seleccionar el texto para ingresar en MeSH on Demand, es importante que incluya los puntos clave y las palabras importantes. Por lo general, recomiendo incluir la pregunta de investigación y la información básica clave para el tema de revisión.
El otro día me preguntaban si ante las incongruencias del nuevo PubMed recomendaba para búsquedas complejas, como el caso de revisiones sistemáticas, hacer las búsquedas en el MEDLINE de OVID u otras alternativas de consulta de esta base de datos.
Para aquellos que se animen a dar el salto al MEDLINE de la plataforma de OVID aquí os dejo una infografía con las diferentes sintaxis de búsqueda por el tesauro MeSH que ayudará a la conversión de estrategias.
Aquí os dejo lo mismo pero en forma de tabla:
El pasado 17 de febrero y el 3 de abril daba cuenta de las novedades en tesauro MeSH de MEDLINE para actualizarse con Supplementary Concepts relativos al COVID-19.
A estos se han añadido en marzo alguno más de tal forma que ahora tenemos disponibles los siguientes Supplementary Concept Records:
severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
spike glycoprotein, COVID-19 virus
Más información aquí.
El tesauro MeSH de MEDLINE se sigue actualizando con los Supplementary Concepts relativos al COVID-19. En una entrada anterior «Qué son los MeSH Supplementary Concept Records de MEDLINE y nuevo COVID-19» ya di cuenta del nuevo Supplementary Concept «COVID-19«. Ahora han creado tres más:
COVID-19 diagnostic testing
COVID-19 drug treatment
COVID-19 vaccine
Hay que tenerlo en cuenta para actualizar las estrategias de búsqueda que vamos desarrollando y guardando sobre esta enfermedad.
Si quieres saber más de los Supplementary Concepts de MeSH mira la siguiente presentación:
Información obtenida de @Farhad_Cochrane y @angelmones
Los “Supplementary Concept Records” (SCR), antes llamados ”Supplementary Chemical Records”, son un conjunto especial de términos (unos 505.000 términos) introducidos a mediados de los 80, que describen temas que no están incluidos en los Headings de MEDLINE.
La mayoría son sustancias como productos químicos y fármacos y enfermedades raras.
Utilidad de los SCR
Los SC son utilizado para añadir vocabulario de manera rápida. Los MeSH Headings se actualizan una vez al año. Por el contrario, los Supplementary Concept Records son añadidos o modificados semanalmente durante todo el año. Las nuevas sustancias son identificadas regularmente en la literatura por los indizadores que las transfieren al personal químico. Esos químicos verifican que la sustancia es nueva dentro del vocabulario y lo añaden a la base de datos como Supplementary Concepts Records.
Esto permite añadir conceptos nuevos al vocabulario MeSH según se van publicando en la literatura. Así se mantiene actualizada la búsqueda en PubMed. Muchos son promocionados anualmente a MeSH Headings.
Cada sustancia se mapea y asigna a un encabezamiento MeSH. Cuando un Supplementary Concept es añadido a un registro de MEDLINE, el encabezamiento MeSH asignado también es añadido.
Los Supplementary concepts, al no ser encabezamientos no están incluidos en el árbol y estructura jerárquica MeSH pero son mapeados a los Headings. Tampoco tienen subheadings ni pueden marcarse como Major MeSH. Sin embargo, el Headings asignado si tiene subheading y puede ser Major MeSH.
Nuevo registro de concepto suplementario MeSH para la enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19)
El 13 de febrero de 2020, la NLM agregó un nuevo Supplementary Concept Record MeSH (SCR Clase 3-Enfermedad) al navegador MeSH de 2020 en respuesta a la Organización Mundial de la Salud (OMS) que anunció un nombre oficial de la enfermedad causada por el nuevo coronavirus 2019: COVID-19
Este nuevo SCR es mapeado a dos encabezados MeSH asignados: Coronavirus Infections y Pneumonia, Viral.
Si queremos buscar lo que haya de este nuevo coronavirus, la estrategia provisional recomendada por la NLM es la siguiente:
2019-nCoV OR COVID-19 OR (wuhan[tiab] AND coronavirus[tiab])
Más información aquí.
La búsqueda de información viene condicionada por una serie de factores tales como nuestros objetivos, tema de la búsqueda así como tiempo y recursos disponibles.
Por ello, una vez definida nuestra pregunta que ha de contestar nuestra búsqueda de información, lo primero que debemos hacer es seleccionar la fuente de información.
Muchas veces vamos directamente a buscar en PubMed cuando no es la fuente de elección para el tipo de búsqueda que necesitamos llevar a cabo. En otras ocasiones sí lo es y en estos casos nuestra forma de consulta es diferente dependiendo de si queremos unos pocos artículos que van a contestar nuestra pregunta o si vamos a necesitar realizar una búsqueda de todo lo relevante publicado sobre un tema o deseamos reducir el NNR (Numbers Needed to Read).
En la primera de las situaciones hemos de realizar una búsqueda sencilla partiendo de la ventana de búsqueda inicial. Para ello lo recomendable no complicar mucho la estrategia y realizarla al modo «Google».
En la siguiente presentación hay recomendaciones para este tipo de búsqueda y un ejemplo:
Pero PubMed dispone de funcionalidades que nos van a ayudar a realizar una búsqueda experta. Será útil en el caso de que estemos buscando estudios en búsquedas sistemáticas de la literatura o una búsqueda en la que queramos ahorrar tiempo reduciendo el número absoluto de referencias e incrementando el número de referencias relevantes. Un ejemplo sería el utilizar el tesauro MeSH, las etiquetas de campos de registro y los filtros metodológicos disponibles en Clinical Queries.
En la siguiente presentación vemos los trucos y recomendaciones para cuando queramos llevar a cabo una búsqueda experta.
Y recuerda, si necesitas realizar una búsqueda experta contacta con el bibliotecario/documentalista de ciencias de la salud que sabrá orientarte en todos los pasos metodológicos que este tipo de búsqueda requiere.
Bibliografía:
Campos-Asensio C. Como elaborar una estrategia de búsqueda bibliográfica. Enferm Intensiva. 2018 Oct – Dec;29(4):182-186. doi: 10.1016/j.enfi.2018.09.001. PMID: 30291015.
Como todos los años hace, la NLM ha actualizado su listado de encabezamientos MeSH. Entre las novedades destaca el nuevo tipo de publicación «Systematic Review» que, además, ha aplicado de manera retrospectiva a las referencias de artículos que son revisiones sistemáticas (ver más en MEDLINE Data Changes—2019.
Por otro lado, la estrategia de búsqueda para el filtro de revisión sistemática también se ha actualizado de tal forma que solo recupera revisiones sistemáticas. Hasta ahora, este filtro recuperaba otros tipos de artículos, incluidos meta-análisis, revisiones de ensayos clínicos, medicina basada en la evidencia, guías, etc. En detalle este filtro es el siguiente:
(((systematic review[ti] OR systematic literature review[ti] OR systematic scoping review[ti] OR systematic narrative review[ti] OR systematic qualitative review[ti] OR systematic evidence review[ti] OR systematic quantitative review[ti] OR systematic meta-review[ti] OR systematic critical review[ti] OR systematic mixed studies review[ti] OR systematic mapping review[ti] OR systematic cochrane review[ti] OR systematic search and review[ti] OR systematic integrative review[ti]) NOT comment[pt] NOT (protocol[ti] OR protocols[ti])) NOT MEDLINE [subset]) OR (Cochrane Database Syst Rev[ta] AND review[pt]) OR systematic review[pt]
Por lo tanto, ahora podemos:
Más información aquí.
Ya han pasado 20 años desde que en enero de 1996 comenzara PubMed como una base de datos experimental en el marco del sistema de recuperación Entrez del NCBI (National Center for Biotechnology Information) con pleno acceso a MEDLINE ®. El 26 de junio de 1997, en una conferencia de Capitol Hill Press, se anunció oficialmente el acceso libre de MEDLINE a través de PubMed.
Desde entonces PubMed ha ido cambiando y mejorando continuamente, cosa que sabemos bien aquellos que utilizamos este motor de búsqueda a diario y que nos dedicamos a enseñar su funcionamiento a los usuarios de nuestras bibliotecas. Paso a resumir las mejoras más relevantes de estos últimos 20 años.
El 26 de enero de 1998 PubMed fue rediseñado con muchas mejoras útiles, incluyendo el MeSH® Browser, el Single Citation Matcher, la búsqueda ampliada automática de términos MeSH («exploding»), el mapeo de sinónimos de Name of Substances y el botón Detalles («Details»). Al año siguiente se incorporó la posibilidad de combinación de búsqueda por término MeSH y subencabezamiento.
PubMed fue rediseñado significativamente en 2000 integrando nuevas características tales como LinkOut, Limits, History y Clipboard. PubMed enlazó con los artículos a texto completo de PubMed Central® y se implantó la utilidad «Cubby». En 2001 comenzó el programa LinkOut for Libraries.
En 2002 el filtro de revisiones sistemáticas se añadió a la página de Clinical Queries, se crearon dos nuevas bases de datos NCBI, Journals y MeSH (MeSH Database reemplazó el MeSH Browser), para proporcionar capacidades adicionales de búsqueda de PubMed y se añadió la opción de correo electrónico para el envío de los resultados de búsqueda.
En 2005 MyNCBI sustituyó a «Cubby», permitiendo el envío automático de resultados de búsquedas salvadas, posibilidad de crearnos filtros personalizados para la recuperación por áreas de interés, la opción de destacar los términos de búsqueda y se añadió la opción de RSS para proporcionar actualizaciones diarias. En 2006 se rediseñaron los límites con una interfaz mejorada y opciones adicionales para limitar las búsquedas.
PubMed continuó evolucionando y, en 2007, el motor de recuperación NCBI fue completamente rediseñado. En 2008, se incluyeron una serie de herramientas tales como «also try», Collections se añadió a las herramientas de usuario My NCBI, se mejoró el mapeo automático de términos y aparece la función de búsqueda avanzada de búsqueda.
En 2009 se incluyen una herramienta de la actividad reciente que hace un seguimiento de hasta 6 meses de búsquedas de un usuario de base de datos NCBI y de registros vistos y una interfaz totalmente renovada.
De 2010 a 2011, el PubMed rediseñó la página de búsqueda avanzada, una nueva página de límites, los términos de búsqueda fueron modificados para mostrase automáticamente en negrita , se añadió la opción de CSV dentro de enviar a archivo y los resúmenes estructurados y las imágenes se incorporaron a la pantalla de resumen.
PubMed Mobile se puso en marcha y base de datos MeSH y la página de Clinical Queries se rediseñaron para proporcionar la misma interfaz optimizada publicada anteriormente en PubMed.
En 2012 se incluye la gráfica de los resultados por año y la visualización de las imágenes de PubMed Central. La página de «Limits» se sustituye por una barra lateral izquierda de filtros. El menú «Send to» incluyó una nueva opción de exportación a un gestor de referencias.
En 2013 a 2014, se han añadido al «Abstract» las palabras clave de autor y los iconos de redes sociales y PubMed comenzó a aceptar y mostrar resúmenes en lengua no inglesa. Una nueva opción de ordenar por relevancia y descargar el historial de búsqueda se añadió a la página de búsqueda avanzada. PubMed Commons fue lanzado como una manera para que los autores compartan opiniones e información sobre publicaciones en PubMed.
Esto son las principales mejorar incorporadas a PubMed en los últimos 20 años, muchas de ellas anunciadas en biblioGETAFE, pero ya se están anunciando nuevas modificaciones para un futuro próximo. La verdad es que algunos de los cambios no siempre fueron bien recibidos pero, pasado el tiempo, podemos afirmar que las mejoras son innegables haciendo de PubMed el motor de búsqueda más utilizado para buscar en la base de datos MEDLINE.
Más información aquí.
Cuando escribimos nuestra estrategia en la ventana inicial de PubMed el sistema recuperará los registros en los que encuentre correspondencia con los términos buscados en un proceso denominado mapeo automático de términos (“Automatic Term Mapping” o ATM).
PubMed de manera automática comprueba lo que hemos escrito frente a varios índices en el orden siguiente:
El primer índice se denomina “MeSH Translation Table“ que incluye los encabezamientos MeSH, Subencabezamientos, Tipos de Publicación, Entry Term (conocidos como sinónimos), los Supplementary Concepts y sinónimos de los Supplementary Concepts.
Si encuentra una correspondencia en este índice “MeSH Translation table” el proceso se detiene y el término es mapeado al término MeSH correspondiente. La busqueda incluirá el MeSH, a lo que se añade la búsqueda de la frase cortada en palabras individuales que es buscada en todos los campos (All Fields). La búsqueda del MeSH incluye los términos jerárquicamente por debajo de él, es decir, hace la denominada búsqueda ampliada o “automatic explosion”.
Si, por ejemplo, escribimos Cancer, PubMed rastrea automáticamente el término “cancer” y selecciona el término MeSH más apropiado, en este caso “Neoplasms” y efectúa la búsqueda por él. Además, PubMed busca el término MeSH “neoplasms” en todos los campos “All Fields”. Por último, PubMed busca el término “cancer” en todos los campos “All Fields”. De tal forma que la estrategia sería:
«neoplasms»[MeSH Terms] OR «neoplasms»[All Fields] OR «cancer»[All Fields]
Solo hay una excepción, cuando el Supplementary Concepts (sustancias) o encabezamiento MeSH incluye un número o único caracter (e.j., protein c) no es dividido en palabras individuales y es buscado solo como frase en todos los campos (All Fields).
Si los términos son mapeados en la tabla MeSH, el proceso se detiene. Si algún término no es localizado en esta tabla, PubMed pasa a mapear por revistas buscando en la “Journals Translation Table” que incluye el nombre completo de la revista, abreviatura y número ISSN.
Si es encontrada una revista, esta es añadida a la búsqueda. El término también es buscado en todos los campos (All Fields) y el proceso se detiene aquí.
Si, por ejemplo, escribimos en la ventana de búsqueda Oncology reports, PubMed realiza el mapeo y la estrategia aplicada sería la siguiente:
«Oncol Rep»[Journal] OR («oncology»[All Fields] AND «reports»[All Fields]) OR «oncology reports»[All Fields]
Si no encuentra correspondencia en “MeSH Translation table” ni en “Journals Translation Table” PubMed comprueba los nombres de autor. Si lo encuentra el proceso se detiene aquí.
Si no encuentra correspondencia, PubMed divide la frase en partes y repite el proceso de mapeo automático del término hasta que encuentra una correspondencia. Los términos que no encuentra correspondencia se buscarán en todos los campos (“All Fields”).
Hay que tener en cuenta que podemos evitar y no aplicará el mapeo automático del término:
Hay que tener en cuenta que hay cierto retraso en la indización de artículos de PubMed. Esto determina que si queremos los últimos artículos de un tema, tendremos que utilizar en nuestra estrategia palabras clave además de los términos MeSH. Otra cosa que tenemos que saber es que un pequeño porcentaje de los artículos no están indexados con encabezamientos MeSH porque solo los podremos recuperarlos a través de palabras clave.
Tres meses después de la publicación, aproximadamente el 75% de los artículos se han indexado. El intervalo de tiempo entre cuando se introduce un artículo en PubMed y es indexado con términos MeSH se estima en más de 4 meses en revistas de farmacia (Rodriguez, R.W. Delay in indexing articles published in major pharmacy practice journals. Am J Health Syst Pharm. 2014;71:321–324.; Minguet, F., Salgado, T.M., van den Boogerd, L., Fernandez-Llimos, F. Quality of pharmacy-specific Medical Subject Headings (MeSH) assignment in pharmacy journals indexed in MEDLINE. Res Social Adm Pharm. 2015;11:686–695).
Sin embargo, en función del lugar de publicación y otros factores, puede tardar hasta 3 años para todos los artículos sean indexados (http://researchguides.uic.edu/c.php?g=252556&p=1683868).
Existe poca información sobre los factores que podrían contribuir a este retraso. Acaba de publicarse un trabajo en el que analiza estos factores para lo que revisa un total de 7906 artículos procedentes de 18 revistas. Este estudio encontró un retraso significativo entre el momento en que se disponía de los artículos en PubMed y cuando fueron indexados con términos MeSH. También se identificaron diferencias entre las revistas de diferente factor de impacto, áreas de interés y disciplina. Un factor de impacto superior se corresponde con un tiempo más rápido para la indexación pero los autores del estudio no identificaron un factor(s) claro que parezca conducir a un tiempo de indexación (Irwin AN, Rackham D. Comparison of the time-to-indexing in PubMed between biomedical journals according to impact factor, discipline, and focus. Res Social Adm Pharm. 2016 May 5. pii: S1551-7411(16)30019-5. doi: 10.1016/j.sapharm.2016.04.006. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 27215603).
MeSH es el acrónimo de Medical Subject Headings y es el vocabulario controlado de términos biomédicos que representan el contenido de cada artículo que se ingresa en la base de datos MEDLINE. Hay aproximadamente 26.000 términos médicos que se encuentra organizados alfabéticamente y de manera jerárquica.
Los indizadores de MEDLINE de la NLM examinan los artículos y asignan los encabezamientos MeSH apropiados más específicos que describan los conceptos principales que se tratan en el artículo. El indizador asigna tantos encabezamientos como sean apropiados para cubrir los temas del artículo: generalmente de 5 a 15.
El término MeSH que refleja los puntos principales o Major MeSH de un artículo es señalado con un asterisco (*) por los indizadores.
Además, podemos cualificar las búsquedas por MeSH utilizando los subencabezamientos o subheadings particulares de un encabezamiento MeSH. En total hay 83 subheadings organizados por categorías (Administration & dosage, Adverse effects, Complications, Diagnosis, Drug therapy, Epidemiology, Organization & administration, Pharmacokinetics, Prevention & control, Surgery, Therapeutic use).
Si quieres aprender cómo construir y centrar una búsqueda en PubMed utilizando la base de datos MeSH aquí tienes un vídeo de la NLM:
Por último hay que recordar que realizar búsquedas mediante la opción MeSH Database es sólo una de las múltiples formas de buscar en PubMed y que deberemos tener en cuenta que si buscamos por MeSH la búsqueda es más precisa pero se pierde todas aquellas referencias más recientes no incorporadas a MEDLINE.
A través de los mensajes enviados por Carlos González a la lista BIB-MED nos hemos enterados de dos novedades de la Biblioteca Cochrane Plus.
Como ya hemos comentado otras veces en BiblioGETAFE el Ministerio de Sanidad financia la traducción de las revisiones sistemáticas de la Colaboración Cochrane y su acceso gratuito desde territorio español a través de la plataforma Biblioteca Cochrane Plus. Pero existe una demora desde la publicación de la revisión original en inglés hasta que podemos acceder a la traducción al castellano.
La primera novedad ha sido la posibilidad de acceso a las revisiones originales, en inglés, pero totalmente actualizadas de la Cochrane Library. El proceso para la localización de la versión original en inglés es algo compleja y la tenéis magníficamente descrita en el blog de la Biblioteca HFLR.
La segunda y más reciente novedad ha sido volver a recuperar la posibilidad que ya teníamos hace unos años de búsqueda por términos MeSH mediante una pestaña ya existente pero que hasta ahora no funcionaba.
BiblioGETAFE 